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zjf666

铁虫 (正式写手)

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[求助] 电泳筛选SSR引物时，只跑出了一条带，这样正常吗？是不是说明SSR引物没有多态性？

6对引物，分别对4个个体（来自不同的群体）基因组DNA进行PCR和电泳，结果每对引物都跑出了一样大小的带（在4个模板中），有谁做过SSR引物开发方面的，欢迎赐教，结果见图。
注：除引物4没有跑出条带，引物3产物偏大外，其他4对引物的产物大小和预期的基本一样。

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1楼 2011-10-24 16:19:41

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liugs

禁虫 (正式写手)

学生芯

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【答案】应助回帖

zjf666(金币+5, 博学EPI+1): 谢了 2011-10-25 14:47:39

琼脂糖不能检测到所有的多态性，分辨率太低！

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2楼2011-10-25 07:06:11

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日中天0

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

zjf666(金币+10): 呵，后来我加大了胶浓度，延长了跑胶时间，有一些引物可以跑出差异带了。不过最终还是要用PAGE胶的。 2011-10-25 14:49:11

你这个结果很不错的！琼脂糖上是看不出差别的，就一条带。做PAGE检测下吧！

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3楼2011-10-25 07:55:03

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zjf666

铁虫 (正式写手)

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我最近在做SSR引物开发方面的实验，那位对这方面比较了解，以后可以加强交流啊。准备用Popgen对电泳图进行分析，但现在对电泳条带如何统计还不是很清楚？那位比较了解。
1.进行SSR标记时，每个个体的PCR产物电泳，理论上只能产生一条带或两条带吗？（当然也可能没有条带）
2.用popgen进行分析的时候，群体材料一定是用AA,BB,AB,AC等形式来统计条带吗？进行多物种亲缘关系的分析时，是不是要使用0,1矩阵来统计条带？

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4楼2011-10-25 15:10:01

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