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addictedfish

铁虫 (初入文坛)

[求助] 急救啊!各位大虾,PCR扩基因有杂带(有图)!

大家好!我是实验菜鸟,从油菜基因组直接P基因。都快一个月了,天天作重复工作,该考虑都考虑了,但是就是扩不出来东西。。现就把PCR体系和反应程序列出来。请各位大虾们多多指教啊 ?
        体系:10 x buffer            2.5ul,
             dNTP (2.5mM each)  3ul,  
                       25mM Mg+             2ul ,
                       上下引物各       1ul,
                      基因组DNA               3ul,
                   2.5U/ul Taq酶        0.4ul
                 加水至25ul

反应程序: 94    3min
                   94   30s
                   52   1mim
                   72    2min  共 32个循环。
           72     3min
              这是我做的最好的一次,我要上面的带,但是下面的非特异性带更亮啊?大家帮我看看。







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liudh99

禁虫 (小有名气)

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9楼2011-11-13 20:12:25
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mascotte

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
silicare(金币+3, BioEPI+1): 可以考虑 2011-10-24 12:12:07
addictedfish(金币+6): 谢谢您的回帖,是要做转基因的。连克隆载体的。 2011-10-24 15:52:36
addictedfish(金币+4): 2011-11-29 10:07:10
引物设计的有问题吧,把引物在ncbi上blast一下,看看有没有其他的基因能被扩增出来。一些基因有结构相似的假基因(pseudogene),一些基因家族有保守型的结构域,如果你的引物设计在这些位置就没啥特异性了。如果PCR的目的是扩增要构建质粒的基因,可以把位置符合条件的条带切下来再PCR;如果是为了做半定量PCR就重新设计引物吧。
2楼2011-10-24 11:18:53
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章信来

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
adslye(金币+5): 鼓励交流!实用主义,顶! 2011-10-26 13:11:46
应该是引物设计的问题,如果有目的片段出来,最简便的方法就是把目的片段切下来,胶回收,克隆到T载体上,直接向下做,不必纠缠最佳扩增条件的问题。
3楼2011-10-25 07:26:06
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惠子

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
adslye(金币+2): 鼓励交流~ 2011-10-26 13:12:00
dNTP浓度和DNA浓度可能过高
不要等待机会,而要创造机会!
4楼2011-10-25 12:32:23
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