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hgq115

金虫 (小有名气)


[交流] 关于PCR退火温度

PCR引物设计的时候,用不同的软件设计会发现同一个引物的Tm值相差比较大,与用4(G+C)*2(A+T)获得的结果也不同。请问各位虫友在设计的时候是如何确定引物的Tm值的?
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nuoyaeva

铁杆木虫 (正式写手)


★ ★ ★
hgq115(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励交流!55王道~ 2011-10-21 08:55:03
跑PCR的时候一律55度的飘过....
4楼2011-10-20 11:30:06
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lixg

铁杆木虫 (正式写手)


★ ★ ★
hgq115(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励交流,TM计算公式不同而已,没有对错。 2011-10-21 08:54:35
利用软件引物,实际Tm值以公司的报告为准。
2楼2011-10-20 09:50:22
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sunqinyan

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
hgq115(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励交流! 2011-10-21 08:54:45
primer 5.0设计的时候就会给
3楼2011-10-20 10:38:27
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liuhedong1817

木虫 (正式写手)



hgq115(金币+1):谢谢参与
hgq115(金币+4): 2011-10-20 14:15:53
adslye(BioEPI+1): 对的,就是这个道理。只是公式不同,无对错之分。 2011-10-21 08:55:44
根据查找的文献发现,计算Tm值的至少有20几个公式,而且也没有通用的公式,但是大多数相差都在10℃范围内。所以,只要你根据引物合成公司提供的Tm值,然后根据Tm+5,Tm-5这个数值范围,做一个退火温度梯度,然后根据PCR的条带浓度大小,就可以得到较准确的退火温度了。
6楼2011-10-20 12:33:31
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