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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于PCR退火温度
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hgq115

金虫 (小有名气)

[交流] 关于PCR退火温度

PCR引物设计的时候，用不同的软件设计会发现同一个引物的Tm值相差比较大，与用4（G+C）*2(A+T)获得的结果也不同。请问各位虫友在设计的时候是如何确定引物的Tm值的？
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1楼 2011-10-20 09:47:43
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sunqinyan

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
hgq115(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励交流！ 2011-10-21 08:54:45
primer 5.0设计的时候就会给
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-10-20 10:38:27
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lixg

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
hgq115(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励交流，TM计算公式不同而已，没有对错。 2011-10-21 08:54:35
利用软件引物，实际Tm值以公司的报告为准。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-10-20 09:50:22
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nuoyaeva

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
hgq115(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励交流！55王道~ 2011-10-21 08:55:03
跑PCR的时候一律55度的飘过....
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2011-10-20 11:30:06
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liuhedong1817

木虫 (正式写手)
★
hgq115(金币+1):谢谢参与
hgq115(金币+4): 2011-10-20 14:15:53
adslye(BioEPI+1): 对的，就是这个道理。只是公式不同，无对错之分。 2011-10-21 08:55:44
根据查找的文献发现，计算Tm值的至少有20几个公式，而且也没有通用的公式，但是大多数相差都在10℃范围内。所以，只要你根据引物合成公司提供的Tm值，然后根据Tm+5，Tm-5这个数值范围，做一个退火温度梯度，然后根据PCR的条带浓度大小，就可以得到较准确的退火温度了。
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6楼2011-10-20 12:33:31
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