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thestormcong

银虫 (小有名气)

[交流] 求助16sv3区结果分析 已有8人参与

这是本人的16sv3区扩增产物，模板为16spcr全序列，引物为v3区通用引物，结果显示该区很宽，是不是有非特异性扩增，能否直接进行下一步的DGGE，请教各位能够指点，非常感谢！
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1楼 2011-10-07 22:18:04
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thestormcong

银虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by thestormcong at 2011-10-07 22:18:04:
这是本人的16sv3区扩增产物，模板为16spcr全序列，引物为v3区通用引物，结果显示该区很宽，是不是有非特异性扩增，能否直接进行下一步的DGGE，请教各位能够指点，非常感谢！
[eimg]20/11/1410070_1317996763_705. ...

非常感谢您的指点！我这个土壤是一位留学生从外国带来的，土壤DNA提取用的是生工的柱式提取试剂盒，该图的确是用自己相机拍的。那请问您我是需要重新提取基因组吗？是不是基因组的16sV3区扩增出来都是很单一的条带啊，我这个又是什么原因呢。另外该V3pcr产物的模板是16s全序列，16s全序列pcr结果条带还是比较单一的呢。直接拿基因组当模板扩v3区没能扩增出来。
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4楼2011-10-07 22:43:02
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红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+1): 鼓励 2011-10-10 17:26:07
我们实验室做DGGE第一步PCR出来的结果是非常单一的一条带，你这个貌似是不可以直接上胶的。引物应该都是现成的，你模版用的是什么地方提取出来的菌啊，总DNA可能提的不是很好。还有你这个貌似是用自己的相机在紫外板上照的把，这样的图投文章别人不认的……
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可以用QQ找我……
2楼2011-10-07 22:28:51
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thestormcong

银虫 (小有名气)
非常感谢您的指点！我这个土壤是一位留学生从外国带来的，土壤DNA提取用的是生工的柱式提取试剂盒，该图的确是用自己相机拍的。那请问您我是需要重新提取基因组吗？是不是基因组的16sV3区扩增出来都是很单一的条带啊，我这个又是什么原因呢。另外该V3pcr产物的模板是16s全序列，16s全序列pcr结果条带还是比较单一的呢。直接拿基因组当模板扩v3区没能扩增出来。
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3楼2011-10-07 22:41:14
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runrain

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
V3区的片段大小在300bp左右，你这个位置是大约300左右吗？？
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5楼2011-10-07 23:07:08
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