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thestormcong

银虫 (小有名气)

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[交流] 求助16sv3区结果分析已有8人参与

这是本人的16sv3区扩增产物，模板为16spcr全序列，引物为v3区通用引物，结果显示该区很宽，是不是有非特异性扩增，能否直接进行下一步的DGGE，请教各位能够指点，非常感谢！

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1楼 2011-10-07 22:18:04

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红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子

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专业: 生物化学

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西瓜(金币+1): 鼓励 2011-10-10 17:26:07

我们实验室做DGGE第一步PCR出来的结果是非常单一的一条带，你这个貌似是不可以直接上胶的。引物应该都是现成的，你模版用的是什么地方提取出来的菌啊，总DNA可能提的不是很好。还有你这个貌似是用自己的相机在紫外板上照的把，这样的图投文章别人不认的……

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可以用QQ找我……

2楼2011-10-07 22:28:51

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红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子

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1949stone(MolEPI+1): 鼓励 2011-10-07 23:27:25

建议你用QIAGEN的盒子，这个贵点，但是考虑到你对细菌定量的准确性这个绝对物有所值！另外你如果16s出来的结果是单一条带，那理论上出来的出来的应该是单一条带。但是也不排除多种条带的可能。你这个多做几遍试试把。不行的话就整个上胶。不过这个和DGGE的功能优势貌似有点不符~~
另外说点个人的看法啊，你用基因组扩增16S全长，在这个过程中其实原始细菌的量反应在你PCR结果上应该就不准了，因为通用引物对每种细菌16S的扩增效率是不一样的，这样出来的结果本来就不准确了，然后你在用这个不准的结果再次用DGGE引物扩增，这个貌似就更不靠谱了。所以我个人认为这样做欠妥。个人看法，仅供参考哈。

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可以用QQ找我……

6楼2011-10-07 23:13:17

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