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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
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jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
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1楼2011-09-19 17:29:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-20 13:16:42:
比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。

请问，我如果加上二面角的限制，该如何？除了MS还有其他做DPD的吗？帮忙推荐一下！
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5楼2011-09-21 19:39:30
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-20 08:26:11
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-20 22:00:54
引用回帖:
1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-19 17:29:22:
请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint
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2楼2011-09-19 21:35:09
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-19 21:35:09:
抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint

太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？
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3楼2011-09-20 08:29:19
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-20 22:01:08
jolly1987(金币+1): 2011-09-28 14:18:17
jolly1987(金币+1): 2012-03-04 09:31:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-20 08:29:19:
太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？

比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。
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4楼2011-09-20 13:16:42
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-21 21:37:45
引用回帖:
5楼: Originally posted by xjw040 at 2011-09-21 19:39:30:
请问，我如果加上二面角的限制，该如何？除了MS还有其他做DPD的吗？帮忙推荐一下！

给二面角加限制跟给键角加限制没有本质上的区别，harmonic constraint仍然可以用。只是在由该势能推到受力的时候稍微复杂些。

自己写软件做DPD。
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6楼2011-09-21 21:33:51
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xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-21 21:33:51:
给二面角加限制跟给键角加限制没有本质上的区别，harmonic constraint仍然可以用。只是在由该势能推到受力的时候稍微复杂些。

自己写软件做DPD。

你们太强了，我只能仰视了，能不能透露啊?
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7楼2011-09-22 10:42:58
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xjw040

金虫 (正式写手)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-09-29 17:11:29
引用回帖:
6楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-21 21:33:51:
给二面角加限制跟给键角加限制没有本质上的区别，harmonic constraint仍然可以用。只是在由该势能推到受力的时候稍微复杂些。

自己写软件做DPD。

还有个对结果文件分析方面的问题，就是怎样获得高分子链末端均方距。
:
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8楼2011-09-22 10:44:34
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xjw040 at 2011-09-22 10:44:34:
还有个对结果文件分析方面的问题，就是怎样获得高分子链末端均方距。
:

如果用MS，DPD的.out文件里直接输出了每一个frame的均方末端距，同时，用DPD的Analysis也可以得到均方末端距的分布。
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9楼2011-09-27 16:58:19
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-20 13:16:42:
比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。

请问大侠用的是什么模拟软件？除了MS以外，还有什么软件能做DPD？谢谢！
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10楼2011-09-27 17:08:46
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