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jolly1987

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[求助] 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

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1楼 2011-09-19 17:29:22

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xjw040

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4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-20 13:16:42:
比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。

请问，我如果加上二面角的限制，该如何？除了MS还有其他做DPD的吗？帮忙推荐一下！

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5楼2011-09-21 19:39:30

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yahoohoo

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jolly1987(金币+1): 2011-09-20 08:26:11
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-20 22:00:54

引用回帖:

1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-19 17:29:22:
请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint

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2楼2011-09-19 21:35:09

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