应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
51/1返回列表
查看: 2462  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-09-19 17:29:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-19 21:35:09:
抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint

太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？
赞一下 回复此楼
3楼2011-09-20 08:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-20 08:26:11
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-20 22:00:54
引用回帖:
1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-19 17:29:22:
请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-09-19 21:35:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-20 22:01:08
jolly1987(金币+1): 2011-09-28 14:18:17
jolly1987(金币+1): 2012-03-04 09:31:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-20 08:29:19:
太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？

比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-09-20 13:16:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-20 13:16:42:
比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。

请问，我如果加上二面角的限制，该如何？除了MS还有其他做DPD的吗？帮忙推荐一下！
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-09-21 19:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +14 爱看书的可乐 2026-08-26 16/800 2026-08-26 16:47 by skyjudy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +6 process2012 2026-08-23 9/450 2026-08-26 15:33 by process2012
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +26 yaoyewhu2008 2026-08-20 28/1400 2026-08-26 13:49 by zzuzxg
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭