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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
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xjw040

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-29 17:11:13
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9楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-27 16:58:19:
如果用MS，DPD的.out文件里直接输出了每一个frame的均方末端距，同时，用DPD的Analysis也可以得到均方末端距的分布。

我感觉MS中的均方末端距的分析结果太小，一般只有0.2左右的rc，我模拟的高分子链有30个重复单元，比较刚性。明显有差错。
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11楼2011-09-28 08:34:41
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by xjw040 at 2011-09-28 08:34:41:
我感觉MS中的均方末端距的分析结果太小，一般只有0.2左右的rc，我模拟的高分子链有30个重复单元，比较刚性。明显有差错。

你是在Anylysis里看到它的分布了，是吗？然后纵坐标最高只有0.2，是吗？那是概率密度~横坐标是末端距值，需要对其进行积分。
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12楼2011-09-28 09:11:45
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xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-28 09:11:45:
你是在Anylysis里看到它的分布了，是吗？然后纵坐标最高只有0.2，是吗？那是概率密度~横坐标是末端距值，需要对其进行积分。

我是在Anylysis里看到它的分布了。但然横坐标最高只有0.2。怎么搞呢？
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13楼2011-09-28 15:16:24
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by xjw040 at 2011-09-28 15:16:24:
我是在Anylysis里看到它的分布了。但然横坐标最高只有0.2。怎么搞呢？

发张图片看看好了~
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14楼2011-09-29 08:25:34
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
15楼2011-11-04 19:45:38
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黃文丁

新虫 (初入文坛)
高分子链有30个重复单元....真的不懂      例如epoxy 828   在MS模擬下

  重複單元   要如何找


希望有
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16楼2014-01-28 23:20:14
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