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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
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jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
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1楼 2011-09-19 17:29:22
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xjw040

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-29 17:11:13
引用回帖:
9楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-27 16:58:19:
如果用MS，DPD的.out文件里直接输出了每一个frame的均方末端距，同时，用DPD的Analysis也可以得到均方末端距的分布。

我感觉MS中的均方末端距的分析结果太小，一般只有0.2左右的rc，我模拟的高分子链有30个重复单元，比较刚性。明显有差错。
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11楼2011-09-28 08:34:41
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-20 08:26:11
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-20 22:00:54
引用回帖:
1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-19 17:29:22:
请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint
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2楼2011-09-19 21:35:09
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-19 21:35:09:
抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint

太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？
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3楼2011-09-20 08:29:19
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-20 22:01:08
jolly1987(金币+1): 2011-09-28 14:18:17
jolly1987(金币+1): 2012-03-04 09:31:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-20 08:29:19:
太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？

比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。
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4楼2011-09-20 13:16:42
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