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wujiangjie木虫 (正式写手)
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【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？已有5人参与
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如图，这种体系怎么建立的呢？我用Amorphous Cell模块，可是感觉好像不可以，请高人指点，谢谢！ |
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wujiangjie
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2楼2010-06-02 08:29:02
hongyesies
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
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这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好： http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ 使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。 下面是用packmol建的体系： 这个和你的很像：   [ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ] |
3楼2010-06-02 09:15:17
wujiangjie
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5楼2010-06-02 16:10:00
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wujiangjie
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7楼2010-06-02 21:29:19
hongyesies
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lei0736(金币+4):谢谢 欢迎常来 2010-06-03 09:58:25
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我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书： Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。 该书有本中文翻译的：分子模拟-从算法到应用(2002) http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl 欢迎加入分子模拟自编程群参与讨论： 62085776 82453911 |
8楼2010-06-03 09:04:18
wujiangjie
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9楼2010-06-03 15:50:20
wujiangjie
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10楼2010-06-03 18:10:14