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wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立? 已有5人参与

如图,这种体系怎么建立的呢?我用Amorphous Cell模块,可是感觉好像不可以,请高人指点,谢谢!
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系,用packmol建立很好:
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单,只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件,然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系:
这个和你的很像:




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
3楼2010-06-02 09:15:17
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

其中最下面是Au的(100)晶面,上面一个是多肽分子,以及周围许多水的小分子,我直接用的Amorphous,可是失败了,我想是不是是用两个层叠加啊?
2楼2010-06-02 08:29:02
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系,用packmol建立很好:
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单,只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件,然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢,我试试,之前没用过这个软件,这幅图的那篇文献说用MS做的
4楼2010-06-02 16:04:22
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 18:10:41
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 16:04:22:

谢谢,我试试,之前没用过这个软件,这幅图的那篇文献说用MS做的

软件只是工具,如果了解自己的体系,编程做是最好的,有错误也很容易发现,而我们用软件时很少去了解其算法,所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟,编程是必不可少的。
5楼2010-06-02 16:10:00
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