应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？
141/2返回列表12下一页
查看: 1920  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？ 已有5人参与

如图，这种体系怎么建立的呢？我用Amorphous Cell模块，可是感觉好像不可以，请高人指点，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-02 08:19:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
其中最下面是Au的（100）晶面，上面一个是多肽分子，以及周围许多水的小分子，我直接用的Amorphous，可是失败了，我想是不是是用两个层叠加啊？
赞一下 回复此楼
2楼2010-06-02 08:29:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系：
这个和你的很像：




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-06-02 09:15:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-02 16:04:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 18:10:41
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 16:04:22:

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的

软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-06-02 16:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-03 08:28:13
这个要做两层，然后build layer
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-02 21:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 16:10:00:



软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你
赞一下 回复此楼
7楼2010-06-02 21:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 欢迎常来 2010-06-03 09:58:25
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 21:29:19:

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你

我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中文翻译的：分子模拟-从算法到应用(2002)
http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl

欢迎加入分子模拟自编程群参与讨论： 62085776       82453911
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-06-03 09:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

谢谢你^_^
回复此楼
9楼2010-06-03 15:50:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

求助高人，我把那本《分子模拟-从算法到应用》的书下载下来了，可是需要密码才可以解压……
赞一下 回复此楼
10楼2010-06-03 18:10:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wujiangjie 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cHIDTWCTtLlG 2026-08-19 5/250 2026-08-19 17:30 by oCMhZAsgNFoO
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +10 ziyangfang 2026-08-19 11/550 2026-08-19 17:19 by wdc28
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +4 瞬息宇宙 2026-08-15 4/200 2026-08-19 16:23 by allmydream
[基金申请] 今天放榜吗？ +12 布布和一二 2026-08-19 13/650 2026-08-19 14:33 by 陈晨晨陈啊
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +8 kkkl_v 2026-08-19 8/400 2026-08-19 12:34 by Vivilian
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +10 基诺咪客 2026-08-17 14/700 2026-08-19 10:34 by 基诺咪客
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭