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wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立? 已有5人参与

如图,这种体系怎么建立的呢?我用Amorphous Cell模块,可是感觉好像不可以,请高人指点,谢谢!
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶

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lei0736(金币+4):谢谢 欢迎常来 2010-06-03 09:58:25
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 21:29:19:

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的?我之前做模拟都是用的商业化的,目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你

我现在是用开源的软件,编程主要是用在后处理。有一本不错的书:
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002),该书还配有习题和代码,对自编程模拟的人很有用。
该书有本中文翻译的:分子模拟-从算法到应用(2002)
http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl

欢迎加入分子模拟自编程群参与讨论: 62085776       82453911
8楼2010-06-03 09:04:18
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

其中最下面是Au的(100)晶面,上面一个是多肽分子,以及周围许多水的小分子,我直接用的Amorphous,可是失败了,我想是不是是用两个层叠加啊?
2楼2010-06-02 08:29:02
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶

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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系,用packmol建立很好:
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单,只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件,然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系:
这个和你的很像:




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
3楼2010-06-02 09:15:17
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系,用packmol建立很好:
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单,只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件,然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢,我试试,之前没用过这个软件,这幅图的那篇文献说用MS做的
4楼2010-06-02 16:04:22
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