应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/2返回列表12下一页
查看: 1636  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wujiangjie

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？ 已有5人参与

如图，这种体系怎么建立的呢？我用Amorphous Cell模块，可是感觉好像不可以，请高人指点，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-02 08:19:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
其中最下面是Au的（100）晶面，上面一个是多肽分子，以及周围许多水的小分子，我直接用的Amorphous，可是失败了，我想是不是是用两个层叠加啊？
赞一下 回复此楼
2楼2010-06-02 08:29:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

超级版主

红叶

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系：
这个和你的很像：




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-06-02 09:15:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-02 16:04:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

专家顾问

红叶

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 18:10:41
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 16:04:22:

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的

软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-06-02 16:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-03 08:28:13
这个要做两层，然后build layer
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-02 21:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 16:10:00:



软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你
赞一下 回复此楼
7楼2010-06-02 21:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

专家顾问

红叶

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 欢迎常来 2010-06-03 09:58:25
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 21:29:19:

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你

我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中文翻译的：分子模拟-从算法到应用(2002)
http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl

欢迎加入分子模拟自编程群参与讨论： 62085776       82453911
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-06-03 09:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

谢谢你^_^
回复此楼
9楼2010-06-03 15:50:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

求助高人，我把那本《分子模拟-从算法到应用》的书下载下来了，可是需要密码才可以解压……
赞一下 回复此楼
10楼2010-06-03 18:10:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wujiangjie 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +17 678lucky 2026-03-31 21/1050 2026-04-01 01:40 by 1018329917
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +10 李李不服输 2026-03-25 10/500 2026-03-31 21:20 by yuq
[考研] 0856材料化工调剂 总分330 +17 zhubinhao 2026-03-27 17/850 2026-03-31 18:56 by 小张做实验
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
[考研] 311求调剂 +9 蓝月亮亮 2026-03-30 9/450 2026-03-31 16:32 by yedezhan
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +4 Yam. 2026-03-30 5/250 2026-03-31 14:41 by 王亮_大连医科大
[考研] 一志愿西电085401数一英一299求调剂 六级521 +4 爱吃大鸭梨 2026-03-31 4/200 2026-03-31 11:51 by 搏击518
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +6 星沉uu 2026-03-26 7/350 2026-03-31 10:19 by GdShizy
[考研] 085601一志愿西北工业大学初试346 +4 085601初试346 2026-03-30 4/200 2026-03-31 07:47 by jp9609
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂 +25 稻妻小编 2026-03-26 25/1250 2026-03-30 20:11 by 滴滴上岸呀
[考研] 293求调剂 +3 末未mm 2026-03-30 5/250 2026-03-30 17:23 by 王保杰33
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 329求调剂 +10 钮恩雪 2026-03-25 10/500 2026-03-29 13:32 by peike
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂11408 +3 刘小鹿lu 2026-03-27 3/150 2026-03-27 20:53 by nihaoar
[考研] 0703化学338求调剂！ +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭