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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这种金属和水的混合体系在MS中如何建立？ 已有5人参与

如图，这种体系怎么建立的呢？我用Amorphous Cell模块，可是感觉好像不可以，请高人指点，谢谢！
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1楼 2010-06-02 08:19:06
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
其中最下面是Au的（100）晶面，上面一个是多肽分子，以及周围许多水的小分子，我直接用的Amorphous，可是失败了，我想是不是是用两个层叠加啊？
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2楼2010-06-02 08:29:02
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 10:01:31
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的组合即可。

下面是用packmol建的体系：
这个和你的很像：




[ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ]
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3楼2010-06-02 09:15:17
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:15:17:
这种组合较复杂的体系，用packmol建立很好：
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
使用非常简单，只要分别建立好上边各类分子的一个分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法进行你想要的 ...

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的
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4楼2010-06-02 16:04:22
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-02 18:10:41
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 16:04:22:

谢谢，我试试，之前没用过这个软件，这幅图的那篇文献说用MS做的

软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。
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5楼2010-06-02 16:10:00
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-03 08:28:13
这个要做两层，然后build layer
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6楼2010-06-02 21:25:58
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 16:10:00:



软件只是工具，如果了解自己的体系，编程做是最好的，有错误也很容易发现，而我们用软件时很少去了解其算法，所以经常出现这样那样的问题而不知其故。
做计算模拟，编程是必不可少的。

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你
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7楼2010-06-02 21:29:19
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 欢迎常来 2010-06-03 09:58:25
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-02 21:29:19:

嗯 我知道了 谢谢你 请问你是怎么学习编程的？我之前做模拟都是用的商业化的，目前正在向编程转型 可是有点无从下手 想请问你是如何开始你的编程之旅的 谢谢你

我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中文翻译的：分子模拟-从算法到应用(2002)
http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl

欢迎加入分子模拟自编程群参与讨论： 62085776       82453911
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8楼2010-06-03 09:04:18
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

谢谢你^_^
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9楼2010-06-03 15:50:20
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-03 09:04:18:


我现在是用开源的软件，编程主要是用在后处理。有一本不错的书：
Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，该书还配有习题和代码，对自编程模拟的人很有用。
该书有本中 ...

求助高人，我把那本《分子模拟-从算法到应用》的书下载下来了，可是需要密码才可以解压……
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10楼2010-06-03 18:10:14
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