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jolly1987

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[求助] 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

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1楼 2011-09-19 17:29:22

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jolly1987

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8楼: Originally posted by xjw040 at 2011-09-22 10:44:34:
还有个对结果文件分析方面的问题，就是怎样获得高分子链末端均方距。
:

如果用MS，DPD的.out文件里直接输出了每一个frame的均方末端距，同时，用DPD的Analysis也可以得到均方末端距的分布。

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9楼2011-09-27 16:58:19

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yahoohoo

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【答案】应助回帖

★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-20 08:26:11
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-20 22:00:54

引用回帖:

1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-19 17:29:22:
请问在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？

抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint

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2楼2011-09-19 21:35:09

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jolly1987

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2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-19 21:35:09:
抛开MS，取决于分子的结构，你可以考虑加入harmonic constraint

太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？

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3楼2011-09-20 08:29:19

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yahoohoo

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御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-20 22:01:08
jolly1987(金币+1): 2011-09-28 14:18:17
jolly1987(金币+1): 2012-03-04 09:31:40

引用回帖:

3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-20 08:29:19:
太高深了，在Google上没有查到定义~不知大侠用的是什么软件？

比如说你想固定键角$\theta$，那么可以用势能形式$U=k(\theta-\theta_0)^2$，$\theta_0$为平衡值。这就是所谓的harmonic constraint。

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4楼2011-09-20 13:16:42

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