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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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molly20123832

新虫 (初入文坛)

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币 已有2人参与

我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下
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1楼 2011-09-14 14:19:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

王丹2013

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Bootstrap的值与序列长度关系倒不是很大，主要和选的序列多少有关，选的序列越多，做出来的进化树越稳定，可信度就越高，相应地bootstrap值自然就上去了。无论用MEGA4还是MEGA5建树，建议把bootstrap值参数设为1000. 另外除了在NCBI上比对，同时也建议在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)网站上比对，这个网站收录的都是标准菌株，比对完了以后可以选序列相似度在前30或前50的，或者自己根据需要选择某个值，比如94%以上的做进化树，再加一个亲缘关系比较远作为outgroup. 除了NJ树以外，MP树和ML树同时也做一下，最后比较一下三种树拓扑结构是否稳定一致。发文章要用bootstrap consensus tree。总之一个好的进化树要经过多次尝试，加油！
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33楼2014-06-22 22:22:03
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:10:58
调整一下比对的单位长度等参数，或许能提高分数
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4楼2011-09-17 10:06:11
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风信子993

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

EzTaxon server 2.1用这个网站调序列，多调一些序列，显示的一页全部画一个树看看
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努力做好自己
25楼2012-05-04 13:02:20
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beabeer

新虫 (初入文坛)
我用的MEGA5  开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~
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32楼2014-06-22 10:38:56
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普通回帖

my0528

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也在做这方面，也有同样的疑问，初次建树很多都不懂，望做这方面的回帖啊
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宁静以致远
2楼2011-09-15 17:25:12
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冰鱼儿

金虫 (正式写手)
期待有人解答~
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3楼2011-09-16 18:43:07
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
同样求解
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风雪夜归人
5楼2011-09-17 13:21:33
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:05
有没有Cluster W比对呀？很多别人建的进化树是将小于50的数值就不显示。另外再找些同属的菌再试试，祝好
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快乐生活，我快乐
6楼2011-09-17 15:17:42
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vakey

新虫 (初入文坛)
★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:11
我用的MEGA5  开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~
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7楼2011-09-18 22:49:57
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vakey

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫 2011-11-03 03:51:54
我用的MEGA5  开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~
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8楼2011-09-18 22:50:27
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wenneng

新虫 (初入文坛)
有关置信度的计算 我用条件随机场模型进行句子的主客观分类，实验结果要求对每个分类后的句子按置信度降序输出，第一次接触，不太理解这个置信度该怎么计算。希望得到各位的帮助。
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9楼2011-09-20 09:14:50
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angel_wff

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我的也是这样，option summary 里要改什么参数，能说的详细点吗？谢谢各位好心人了，真的很着急
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10楼2011-09-23 22:02:28
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