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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by angel_wff at 2011-09-24 11:05:12:
下面那个0.0005是什么意思，什么样的是合适，应该怎么改，我是做鉴定种的，我把这个菌种的序列测出来，然后在GENEBANK里搜索，同源性高的我就下载下来，然后比对，建分子发育树，置信度就很低，我用其他的序列试， ...

表示遗传距离，没有固定的选择标准，但要保证你做出来的树型要好，我个人认为像是地图上的图例，没有固定的值，要适你的树图而异。另外树图需要一般需要多次树型才能稳定，在作图前用clustal 将头尾的不一致序列去掉，然后再做,同时也可以用DNAMAN比对一下序列的相似度，以便对你所选的参比菌株做以参考。
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Thatislife,onlylifehurts.
21楼2011-11-05 10:49:55
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pcl-bunny

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

0.0005表示单位产度代表的遗传距离。建议楼主MEGA4操作好好看看，对于没有用BIOEDIT进行多重比对的序列，应用MEGA先比对后，删除非公有序列后建树。
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NOPAIN,NOGAIN!
22楼2011-11-06 19:41:35
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microxy

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by vakey at 2011-09-18 22:49:57:
我用的MEGA5  开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~


如何选择？？？？
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23楼2012-03-06 13:34:03
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mada1986

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得你的参比序列选的不是很好，建议你重新选择序列，有一个韩国数据库叫EzTaxon做最初的比对比较好 选出的序列都是模式菌株的 比对的数据能精确到小数点后两位 方便你选择
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24楼2012-03-08 12:29:55
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风信子993

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

EzTaxon server 2.1用这个网站调序列，多调一些序列，显示的一页全部画一个树看看
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努力做好自己
25楼2012-05-04 13:02:20
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风信子993

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用mega 4画树，因为mega 5没有正式发表的文献出来，不能引用
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努力做好自己
26楼2012-05-04 13:06:10
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hhaidong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

以我的经验，调参数也没用，调后这个菌的值高了，那个却低了；最好的办法是无数次地尝试删除几个菌，只要你自己菌附近的值高就行了，编辑要求50%以下的不用显示，但太多的在50%以下总不好，自己的菌这样就不好说明问题了
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27楼2012-05-04 17:59:07
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小小小蜗牛壳

新虫 (初入文坛)
有没有人现在告诉我怎么做啊？我在做这方便的，但我只是个本科生，不了解啊
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28楼2012-10-06 16:16:53
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Rick001

铁杆木虫 (职业作家)

钓鱼岛环保首席秘书

【答案】应助回帖

其实就是通过一个选项将低于某个值的隐藏起来了，高于该值则显示，低于该值就不显示了。
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☆☆☆想开了，便能走出去☆☆☆
29楼2012-10-13 08:34:03
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

真菌你用的是18s？ 这个序列里面有别的东西做的不准
这个BOOTSTRAP值是比如你做100次有90次都在这个亲缘关系位置上于是就是90
换句话说 序列同源性低 本身这个值就会很低 应该没法调
不过你实在要调有两种方法
一种是改你的序列 删除一些类似内含子啊什么的东西 这个需要你去找序列里面 看有没有标注
然后就是比对后的删减 等等 把序列准确度提高 才有可能真是提高这个值
第二种是你是在没法就想提高...降低次数吧=。=...........(好吧这招很那啥还是别用了)
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30楼2012-11-15 10:50:33
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