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molly20123832

新虫 (初入文坛)

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊?送金币已有2人参与

我在建系统发育树时,先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列,然后编辑好后用bioedit切头切尾,再用mega4进行建树,用的是NJ法,可是为什么建好的树置信度那么低呢,有些只有30多?还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree?求高人指点~不要说写理论的(像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理,没实际指导),图下
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pcl-bunny

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

0.0005表示单位产度代表的遗传距离。建议楼主MEGA4操作好好看看,对于没有用BIOEDIT进行多重比对的序列,应用MEGA先比对后,删除非公有序列后建树。
NOPAIN,NOGAIN!
22楼2011-11-06 19:41:35
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my0528

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也在做这方面,也有同样的疑问,初次建树很多都不懂,望做这方面的回帖啊
宁静以致远
2楼2011-09-15 17:25:12
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:10:58
调整一下比对的单位长度等参数,或许能提高分数
4楼2011-09-17 10:06:11
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:05
有没有Cluster W比对呀?很多别人建的进化树是将小于50的数值就不显示。另外再找些同属的菌再试试,祝好
快乐生活,我快乐
6楼2011-09-17 15:17:42
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