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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
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molly20123832

新虫 (初入文坛)

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币 已有2人参与

我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下
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1楼 2011-09-14 14:19:53
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pcl-bunny

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

0.0005表示单位产度代表的遗传距离。建议楼主MEGA4操作好好看看，对于没有用BIOEDIT进行多重比对的序列，应用MEGA先比对后，删除非公有序列后建树。
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NOPAIN,NOGAIN!
22楼2011-11-06 19:41:35
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my0528

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也在做这方面，也有同样的疑问，初次建树很多都不懂，望做这方面的回帖啊
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宁静以致远
2楼2011-09-15 17:25:12
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:10:58
调整一下比对的单位长度等参数，或许能提高分数
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4楼2011-09-17 10:06:11
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:05
有没有Cluster W比对呀？很多别人建的进化树是将小于50的数值就不显示。另外再找些同属的菌再试试，祝好
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快乐生活，我快乐
6楼2011-09-17 15:17:42
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