24小时热门版块排行榜

返回列表

molly20123832

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 36.1
散金: 4
帖子: 17
在线: 7.2小时
虫号: 1018287
注册: 2010-05-14
专业: 环境微生物学

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币已有2人参与

我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下

回复此楼

» 猜你喜欢

自荐读博已经有9人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动已经有4人回复
求个博导看看已经有18人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

真菌18S rDNA 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊已经有3人回复
如何降低油性聚丙烯酸脂树脂的透明度？已经有8人回复
亥姆霍兹慕尼黑中心/慕尼黑工大Wurst教授物色神经发育分子学公派博士生已经有13人回复
关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树已经有9人回复
关于COI基因和系统发育已经有3人回复
【求助/交流】有哪位知道系统发育研究中测定物种GC含量的意义呀？已经有5人回复
【求助/交流】（求助）急回答就送金币啊关于mega 和phylip 画出来的系统发育树已经有5人回复
斑马鱼胚胎发育已经有3人回复
【求助/交流】MEGA4做的进化树中怎么显示bootstrap 值已经有7人回复
【求助/交流】MEGA 画系统发育树中的bootstrap values和Identity scores有什么区别？已经有22人回复

1楼 2011-09-14 14:19:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

王丹2013

金虫 (正式写手)

应助: 28 (小学生)
金币: 3247.9
散金: 1276
红花: 6
帖子: 884
在线: 108.1小时
虫号: 2431683
注册: 2013-04-23
性别: GG
专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

Bootstrap的值与序列长度关系倒不是很大，主要和选的序列多少有关，选的序列越多，做出来的进化树越稳定，可信度就越高，相应地bootstrap值自然就上去了。无论用MEGA4还是MEGA5建树，建议把bootstrap值参数设为1000. 另外除了在NCBI上比对，同时也建议在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)网站上比对，这个网站收录的都是标准菌株，比对完了以后可以选序列相似度在前30或前50的，或者自己根据需要选择某个值，比如94%以上的做进化树，再加一个亲缘关系比较远作为outgroup. 除了NJ树以外，MP树和ML树同时也做一下，最后比较一下三种树拓扑结构是否稳定一致。发文章要用bootstrap consensus tree。总之一个好的进化树要经过多次尝试，加油！