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violin0301

银虫 (初入文坛)

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15楼: Originally posted by 冰鱼儿 at 2011-09-24 21:14:53
我也是啊

...

我也是，同求啊，大家都解决了吗？

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31楼2013-12-31 21:45:22

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beabeer

新虫 (初入文坛)

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我用的MEGA5 开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~

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32楼2014-06-22 10:38:56

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王丹2013

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

Bootstrap的值与序列长度关系倒不是很大，主要和选的序列多少有关，选的序列越多，做出来的进化树越稳定，可信度就越高，相应地bootstrap值自然就上去了。无论用MEGA4还是MEGA5建树，建议把bootstrap值参数设为1000. 另外除了在NCBI上比对，同时也建议在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)网站上比对，这个网站收录的都是标准菌株，比对完了以后可以选序列相似度在前30或前50的，或者自己根据需要选择某个值，比如94%以上的做进化树，再加一个亲缘关系比较远作为outgroup. 除了NJ树以外，MP树和ML树同时也做一下，最后比较一下三种树拓扑结构是否稳定一致。发文章要用bootstrap consensus tree。总之一个好的进化树要经过多次尝试，加油！

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33楼2014-06-22 22:22:03

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