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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
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violin0301

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 冰鱼儿 at 2011-09-24 21:14:53
我也是啊...

我也是，同求啊，大家都解决了吗？
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31楼2013-12-31 21:45:22
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beabeer

新虫 (初入文坛)
我用的MEGA5  开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~
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32楼2014-06-22 10:38:56
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王丹2013

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Bootstrap的值与序列长度关系倒不是很大，主要和选的序列多少有关，选的序列越多，做出来的进化树越稳定，可信度就越高，相应地bootstrap值自然就上去了。无论用MEGA4还是MEGA5建树，建议把bootstrap值参数设为1000. 另外除了在NCBI上比对，同时也建议在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)网站上比对，这个网站收录的都是标准菌株，比对完了以后可以选序列相似度在前30或前50的，或者自己根据需要选择某个值，比如94%以上的做进化树，再加一个亲缘关系比较远作为outgroup. 除了NJ树以外，MP树和ML树同时也做一下，最后比较一下三种树拓扑结构是否稳定一致。发文章要用bootstrap consensus tree。总之一个好的进化树要经过多次尝试，加油！
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33楼2014-06-22 22:22:03
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zhuojingfei

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

其实很正常吧，看你选择的构建树的方法了。BS值调整也只是显示改变的问题，本质上是没变的
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感觉就像走进了一个死胡同，怎么都出不来
34楼2015-01-26 22:04:35
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18299093361

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by vakey at 2011-09-18 22:50:27
我用的MEGA5  开始也出现这种情况，后来调整options summary的数据就好了，你可以将里面的挨个试一下~

options summary在哪呢？怎么调整啊？期待回复呀
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35楼2015-04-27 22:20:35
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