| 查看: 7972 | 回复: 34 | ||
molly20123832新虫 (初入文坛)
|
[求助]
建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币 已有2人参与
|
|
我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下 |
回复此楼» 猜你喜欢
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
真菌18S rDNA 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊
已经有3人回复
- 如何降低油性聚丙烯酸脂树脂的透明度？
已经有8人回复
- 亥姆霍兹慕尼黑中心/慕尼黑工大Wurst教授物色神经发育分子学公派博士生
已经有13人回复
- 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树
已经有9人回复
- 关于COI基因和系统发育
已经有3人回复
- 【求助/交流】有哪位知道系统发育研究中测定物种GC含量的意义呀？
已经有5人回复
- 【求助/交流】（求助）急 回答就送金币啊关于mega 和phylip 画出来的系统发育树
已经有5人回复
- 斑马鱼胚胎发育
已经有3人回复
- 【求助/交流】MEGA4做的进化树中怎么显示bootstrap 值
已经有7人回复
- 【求助/交流】MEGA 画系统发育树中的bootstrap values和Identity scores有什么区别？
已经有22人回复
王丹2013
金虫 (正式写手)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 3247.9
- 散金: 1276
- 红花: 6
- 帖子: 884
- 在线: 108.1小时
- 虫号: 2431683
- 注册: 2013-04-23
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
| Bootstrap的值与序列长度关系倒不是很大，主要和选的序列多少有关，选的序列越多，做出来的进化树越稳定，可信度就越高，相应地bootstrap值自然就上去了。无论用MEGA4还是MEGA5建树，建议把bootstrap值参数设为1000. 另外除了在NCBI上比对，同时也建议在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)网站上比对，这个网站收录的都是标准菌株，比对完了以后可以选序列相似度在前30或前50的，或者自己根据需要选择某个值，比如94%以上的做进化树，再加一个亲缘关系比较远作为outgroup. 除了NJ树以外，MP树和ML树同时也做一下，最后比较一下三种树拓扑结构是否稳定一致。发文章要用bootstrap consensus tree。总之一个好的进化树要经过多次尝试，加油！ |
33楼2014-06-22 22:22:03
xinongfish
铁杆木虫 (著名写手)
- MicEPI: 2
- 应助: 266 (大学生)
- 贵宾: 0.321
- 金币: 9050.5
- 散金: 1197
- 红花: 14
- 沙发: 3
- 帖子: 1624
- 在线: 298.1小时
- 虫号: 848763
- 注册: 2009-09-15
- 性别: GG
- 专业: 森林健康
4楼2011-09-17 10:06:11
25楼2012-05-04 13:02:20
32楼2014-06-22 10:38:56
2楼2011-09-15 17:25:12
3楼2011-09-16 18:43:07
wqj1988926
金虫 (正式写手)
- 应助: 40 (小学生)
- 金币: 1222
- 散金: 27
- 红花: 5
- 帖子: 929
- 在线: 225.6小时
- 虫号: 1156883
- 注册: 2010-11-27
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2011-09-17 13:21:33
天鸟
木虫 (正式写手)
- MicEPI: 1
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2548.5
- 散金: 52
- 红花: 7
- 帖子: 515
- 在线: 186.4小时
- 虫号: 627037
- 注册: 2008-10-15
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
6楼2011-09-17 15:17:42
7楼2011-09-18 22:49:57
8楼2011-09-18 22:50:27
9楼2011-09-20 09:14:50
10楼2011-09-23 22:02:28
