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molly20123832新虫 (初入文坛)
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建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币 已有2人参与
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我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下 |
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【答案】应助回帖
| Bootstrap的值与序列长度关系倒不是很大，主要和选的序列多少有关，选的序列越多，做出来的进化树越稳定，可信度就越高，相应地bootstrap值自然就上去了。无论用MEGA4还是MEGA5建树，建议把bootstrap值参数设为1000. 另外除了在NCBI上比对，同时也建议在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)网站上比对，这个网站收录的都是标准菌株，比对完了以后可以选序列相似度在前30或前50的，或者自己根据需要选择某个值，比如94%以上的做进化树，再加一个亲缘关系比较远作为outgroup. 除了NJ树以外，MP树和ML树同时也做一下，最后比较一下三种树拓扑结构是否稳定一致。发文章要用bootstrap consensus tree。总之一个好的进化树要经过多次尝试，加油！ |
33楼2014-06-22 22:22:03
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