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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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molly20123832

新虫 (初入文坛)

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊?送金币 已有2人参与

我在建系统发育树时,先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列,然后编辑好后用bioedit切头切尾,再用mega4进行建树,用的是NJ法,可是为什么建好的树置信度那么低呢,有些只有30多?还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree?求高人指点~不要说写理论的(像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理,没实际指导),图下
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by angel_wff at 2011-09-24 11:05:12:
下面那个0.0005是什么意思,什么样的是合适,应该怎么改,我是做鉴定种的,我把这个菌种的序列测出来,然后在GENEBANK里搜索,同源性高的我就下载下来,然后比对,建分子发育树,置信度就很低,我用其他的序列试, ...

表示遗传距离,没有固定的选择标准,但要保证你做出来的树型要好,我个人认为像是地图上的图例,没有固定的值,要适你的树图而异。另外树图需要一般需要多次树型才能稳定,在作图前用clustal 将头尾的不一致序列去掉,然后再做,同时也可以用DNAMAN比对一下序列的相似度,以便对你所选的参比菌株做以参考。
Thatislife,onlylifehurts.
21楼2011-11-05 10:49:55
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my0528

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也在做这方面,也有同样的疑问,初次建树很多都不懂,望做这方面的回帖啊
宁静以致远
2楼2011-09-15 17:25:12
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:10:58
调整一下比对的单位长度等参数,或许能提高分数
4楼2011-09-17 10:06:11
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:05
有没有Cluster W比对呀?很多别人建的进化树是将小于50的数值就不显示。另外再找些同属的菌再试试,祝好
快乐生活,我快乐
6楼2011-09-17 15:17:42
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