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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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molly20123832

新虫 (初入文坛)

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币 已有2人参与

我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下
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1楼 2011-09-14 14:19:53
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hhaidong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

以我的经验，调参数也没用，调后这个菌的值高了，那个却低了；最好的办法是无数次地尝试删除几个菌，只要你自己菌附近的值高就行了，编辑要求50%以下的不用显示，但太多的在50%以下总不好，自己的菌这样就不好说明问题了
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27楼2012-05-04 17:59:07
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my0528

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也在做这方面，也有同样的疑问，初次建树很多都不懂，望做这方面的回帖啊
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宁静以致远
2楼2011-09-15 17:25:12
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:10:58
调整一下比对的单位长度等参数，或许能提高分数
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4楼2011-09-17 10:06:11
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:05
有没有Cluster W比对呀？很多别人建的进化树是将小于50的数值就不显示。另外再找些同属的菌再试试，祝好
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快乐生活，我快乐
6楼2011-09-17 15:17:42
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