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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
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molly20123832

新虫 (初入文坛)

[求助] 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币 已有2人参与

我在建系统发育树时，先是在ncbi上通过blast找到相似度在96%-99%的序列，然后编辑好后用bioedit切头切尾，再用mega4进行建树，用的是NJ法，可是为什么建好的树置信度那么低呢，有些只有30多？还有就是写文章时用的图是original tree 还是bootstrap consensus tree？求高人指点~不要说写理论的（像我在百度搜了好多次都是摆一大堆道理，没实际指导），图下
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1楼 2011-09-14 14:19:53
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

真菌你用的是18s？ 这个序列里面有别的东西做的不准
这个BOOTSTRAP值是比如你做100次有90次都在这个亲缘关系位置上于是就是90
换句话说 序列同源性低 本身这个值就会很低 应该没法调
不过你实在要调有两种方法
一种是改你的序列 删除一些类似内含子啊什么的东西 这个需要你去找序列里面 看有没有标注
然后就是比对后的删减 等等 把序列准确度提高 才有可能真是提高这个值
第二种是你是在没法就想提高...降低次数吧=。=...........(好吧这招很那啥还是别用了)
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30楼2012-11-15 10:50:33
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my0528

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也在做这方面，也有同样的疑问，初次建树很多都不懂，望做这方面的回帖啊
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宁静以致远
2楼2011-09-15 17:25:12
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:10:58
调整一下比对的单位长度等参数，或许能提高分数
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4楼2011-09-17 10:06:11
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天鸟

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2011-11-02 08:11:05
有没有Cluster W比对呀？很多别人建的进化树是将小于50的数值就不显示。另外再找些同属的菌再试试，祝好
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快乐生活，我快乐
6楼2011-09-17 15:17:42
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