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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK对接步骤求助(附图)

最近学习AUTODOCK软件的使用,遇到以下几个问题:
    1.大分子和小分子相隔太远,所建盒子无法把两者都包括到一起。如图1.
       2.完成自动对接前的dpf文件设置后,进行对接。弹出下图2,无法完成对接。想通过Browse按钮进行改变,结果根本找不到相应的dpf文件。(包括前几步在内,每次设置好的文件图标都如图3所示)。






[ Last edited by 可米kemi on 2011-9-5 at 23:08 ]
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可米kemi

银虫 (小有名气)

自己顶起,坐等高手解答。
2楼2011-09-06 09:02:59
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日月流枫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

问卖软件的人啊~~
3楼2011-09-06 09:11:20
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-07 14:30:08
可米kemi(金币+5): 这样,那个目标路径应该在documents and settings还是在python25里呢?谢谢。 2011-09-08 09:27:48
可米kemi(金币+10): 多谢指导,我按照你说的果然有效。然后,第一个问题,我拿事先用GAUSSIAN计算过的分子带进去算也解决了。 2011-09-14 08:51:09
按照我的一点点经验,你的路径有问题,我认为。
启动ADT要在目标路径里,而不是通过快捷方式,而且你所用的受体配体文件等所有准备文件也要在这个路径里的

希望对你有所提示
4楼2011-09-06 16:18:35
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可米kemi

银虫 (小有名气)

可是,虽然路径是找到了,可是点击launch,进行自动对接,会跳出:
autodock4:can,t create log file E:\Python25\Lib\site-packages\MGLTOOLSPckgs\AutoDockTOOLS\BIN\CD-FLUS.dlg
请问,这又是怎么回事呢?
5楼2011-09-14 08:58:29
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huang0106

木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-15 20:34:24
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-15 20:34:31
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-15 20:34:33
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-15 20:34:40
你有没有先设定好了BOX的参数后,先算好map文件,生成了一个glg文件的再进行啊?还有,就是在跑autodock时,最好先在file下preference下修改默认的路径。产生大分子的dpf那些文件的后缀名,记住,一定要手动输入!
6楼2011-09-15 18:28:32
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可米kemi

银虫 (小有名气)

谢谢,各位的帮忙,我已经知道原因了。相同条件下,我拿我同学那里就可以。估计应该是之前在学习AUTODOCK的时候,对这个软件装了又拆,拆了又装,在C盘里可能某个地方还有残留,不兼容。
    所以,借下来考虑的是:要不,心一狠,电脑重装;要不借其他电脑安装了。
7楼2011-09-15 20:58:50
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

其实要加后缀名,我上次也是这样的情况
生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
8楼2012-02-25 16:40:43
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