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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK对接步骤求助(附图）
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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK对接步骤求助(附图）

最近学习AUTODOCK软件的使用，遇到以下几个问题：
    1.大分子和小分子相隔太远，所建盒子无法把两者都包括到一起。如图1.
       2.完成自动对接前的dpf文件设置后，进行对接。弹出下图2，无法完成对接。想通过Browse按钮进行改变，结果根本找不到相应的dpf文件。（包括前几步在内,每次设置好的文件图标都如图3所示）。






[ Last edited by 可米kemi on 2011-9-5 at 23:08 ]
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1楼 2011-09-05 22:12:20
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可米kemi

银虫 (小有名气)
自己顶起，坐等高手解答。
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2楼2011-09-06 09:02:59
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日月流枫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

问卖软件的人啊~~
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3楼2011-09-06 09:11:20
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-07 14:30:08
可米kemi(金币+5): 这样，那个目标路径应该在documents and settings还是在python25里呢？谢谢。 2011-09-08 09:27:48
可米kemi(金币+10): 多谢指导，我按照你说的果然有效。然后，第一个问题，我拿事先用GAUSSIAN计算过的分子带进去算也解决了。 2011-09-14 08:51:09
按照我的一点点经验，你的路径有问题，我认为。
启动ADT要在目标路径里，而不是通过快捷方式，而且你所用的受体配体文件等所有准备文件也要在这个路径里的

希望对你有所提示
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4楼2011-09-06 16:18:35
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可米kemi

银虫 (小有名气)
可是，虽然路径是找到了，可是点击launch,进行自动对接，会跳出：
autodock4:can,t create log file E:\Python25\Lib\site-packages\MGLTOOLSPckgs\AutoDockTOOLS\BIN\CD-FLUS.dlg
请问，这又是怎么回事呢？
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5楼2011-09-14 08:58:29
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huang0106

木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-15 20:34:24
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-15 20:34:31
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-09-15 20:34:33
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-09-15 20:34:40
你有没有先设定好了BOX的参数后，先算好map文件，生成了一个glg文件的再进行啊？还有，就是在跑autodock时，最好先在file下preference下修改默认的路径。产生大分子的dpf那些文件的后缀名，记住，一定要手动输入！
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6楼2011-09-15 18:28:32
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可米kemi

银虫 (小有名气)
谢谢，各位的帮忙，我已经知道原因了。相同条件下，我拿我同学那里就可以。估计应该是之前在学习AUTODOCK的时候，对这个软件装了又拆，拆了又装，在C盘里可能某个地方还有残留，不兼容。
    所以，借下来考虑的是：要不，心一狠，电脑重装；要不借其他电脑安装了。
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7楼2011-09-15 20:58:50
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
其实要加后缀名，我上次也是这样的情况
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
8楼2012-02-25 16:40:43
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