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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助 序列比对～～～～
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笨笨达达

银虫 (小有名气)

[求助] 求助 序列比对～～～～

测序后，与GenBank比对，相似度只有87%，表现为100bp往后都一样，1-48bp相似，中间不相同。我是鉴定真菌的，形态学上确实是那种菌，请问各位大侠，是什么原因呢？与引物有关么？
怎么解决么？
有引物是ITS1 (5'-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3')
              ITS4 (5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3')
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1楼 2011-08-14 22:47:16
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

笨笨达达(金币+5): 按的方法试了一下啊，序列完全一样，不知道为什么网站比对的时候不一样勒？ 2011-08-15 17:18:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by 笨笨达达 at 2011-08-15 14:26:45:
看过了啊，没问题的~~~是什么原因呢

不行的话，楼主就把这段序列从数据库里下下来，手工比对一下，看问题出在哪里，以前碰到过一次这样的情况，测序是由于一串的G，导致少测了一个，但实际上是有的，比对时情况和楼主一样，中间断开了一截！
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jiayoubashaonian
7楼2011-08-15 14:30:32
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笨笨达达

银虫 (小有名气)
自己顶一个，坐等高人啊～～～
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2楼2011-08-15 09:22:44
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

笨笨达达(金币+15): 金币都给你啦~谢谢啦~ 2011-08-15 22:25:58
楼主看过测序图谱了吗？
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jiayoubashaonian
4楼2011-08-15 13:11:22
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hailiang1029

金虫 (正式写手)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励交流 2011-08-16 00:34:34
Gene Bank不一定准确啊，也是别人上传的，这个菌有没有其他的类似的种类？你最好是把已经确认的阳性样品测序，然后拿位置样品来与之对比，这样准确。
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5楼2011-08-15 13:40:23
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