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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » ITS序列扩增不稳定，什么问题呢？
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jb1003

新虫 (初入文坛)

[求助] ITS序列扩增不稳定，什么问题呢？

退火温度跟样品有关吗？因为我发现一个现象，不同的样品相同的退火温度下，有些可以扩得出来，有些不行？
ITS序列的扩增很不稳定，有时可以扩得很好，有时扩不出来？而psbA-trnH序列，怎么扩，都可以扩得出来。
哪位高手，请指教下，不胜感激！谢谢！
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1楼 2011-07-23 15:34:00
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★ ★
看天(金币+3): 感谢回答 2011-07-24 01:51:14
我扩增过几十个真菌的ITS，在同一退火温度下有的有非特异性条带，有的没有。其中有非特异性条带的升高了退火温度之后非特异性扩增程度减弱，所以我觉得退火温度跟样品有关。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2011-07-24 01:14:17
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cona

银虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
amisking(金币+1): 鼓励应助 2011-07-23 20:19:51
jb1003(金币+1): 好的，谢谢，尊驾！ 2011-07-24 08:47:00
退火温度当然跟样品没有关系啦。ITS序列以前扩的时候，不同样品，或不同温度，都很稳定，我觉得是你的序列有问题。换家公司合成试一下。
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2楼2011-07-23 20:17:07
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won7

金虫 (小有名气)
试一下采用TAKALA的GC buffer或者PCR是加10%二甲亚砜。
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4楼2011-07-24 10:45:26
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