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jb1003

新虫 (初入文坛)

[求助] ITS序列扩增不稳定,什么问题呢?

退火温度跟样品有关吗?因为我发现一个现象,不同的样品相同的退火温度下,有些可以扩得出来,有些不行?
ITS序列的扩增很不稳定,有时可以扩得很好,有时扩不出来?而psbA-trnH序列,怎么扩,都可以扩得出来。
哪位高手,请指教下,不胜感激!谢谢!
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

★ ★ ★
看天(金币+3): 感谢回答 2011-07-24 01:51:14
我扩增过几十个真菌的ITS,在同一退火温度下有的有非特异性条带,有的没有。其中有非特异性条带的升高了退火温度之后非特异性扩增程度减弱,所以我觉得退火温度跟样品有关。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2011-07-24 01:14:17
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cona

银虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


amisking(金币+1): 鼓励应助 2011-07-23 20:19:51
jb1003(金币+1): 好的,谢谢,尊驾! 2011-07-24 08:47:00
退火温度当然跟样品没有关系啦。ITS序列以前扩的时候,不同样品,或不同温度,都很稳定,我觉得是你的序列有问题。换家公司合成试一下。
2楼2011-07-23 20:17:07
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won7

金虫 (小有名气)

试一下采用TAKALA的GC buffer或者PCR是加10%二甲亚砜。
4楼2011-07-24 10:45:26
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