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墨池

银虫 (小有名气)

[求助] 这胶是怎么了?小女子求解

聚丙烯酰胺凝胶,DNA。问题:
1   这么窄的泳道,好不好,我看好多人发的论文都是宽泳道,而且这板子上样量好小,我上到3微升就有可能溢出来。
2    为什么染色,背景色不均匀。可否列举尽可能多的原因,我再一一排除。
3     4条比较清楚的都是DL2000MARKER,为什么染色时,marker总是比样品的条带显现快

小女子这厢先谢过啦(*^__^*) 嘻嘻
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anlewo7777

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): good! 2011-07-21 11:40:09
西瓜(金币+2, EPI+1): 补上 2011-07-21 11:40:50
墨池(金币+1): 2011-07-21 21:02:55
选宽还是窄泳道,是看你需要不需要将所有的样品呈现在一张图上,如果希望所有的样品都显现的话,就用窄的泳道;背景颜色深浅不一,和你扩增的结果差别大有关,需要你优化扩增的体系,在我看来,你的模板量可能有点多,扩增的Ta值选的不好;染色时,marker显色快,是因为它其中的条带浓度大且集中。
2楼2011-07-20 22:32:05
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, EPI+1): Good!跟沙发发表的时间间隔不到1分钟呢,呵呵~ 2011-07-21 11:42:15
墨池(金币+1): 2011-07-21 21:03:03
(1)关于发论文是用宽泳道还是窄泳道的图片我不太清楚,不过泳道越宽,通量越小,如果你一块胶上必须要点这么多样的话你用宽泳道来跑估计不够吧
(2)关于背景颜色不一致,这是与你样品的浓度来决定的,上样量越大(是质量不是体积),条带颜色越深,背景也就相应的颜色越深,有了这次的经验,下次上样的时候你可以适当调整不同样品的上样量,那么背景就颜色就比较一致了
(3)mark的条带浓度比较大,所以会在显色的时候最先出现,原理同(2)
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
3楼2011-07-20 22:32:50
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by anlewo7777 at 2011-07-20 22:32:05:
选宽还是窄泳道,是看你需要不需要将所有的样品呈现在一张图上,如果希望所有的样品都显现的话,就用窄的泳道;背景颜色深浅不一,和你扩增的结果差别大有关,需要你优化扩增的体系,在我看来,你的模板量可能有点 ...

英雄所见略同,呵呵
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
4楼2011-07-20 23:00:19
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墨池

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by anlewo7777 at 2011-07-20 22:32:05:
选宽还是窄泳道,是看你需要不需要将所有的样品呈现在一张图上,如果希望所有的样品都显现的话,就用窄的泳道;背景颜色深浅不一,和你扩增的结果差别大有关,需要你优化扩增的体系,在我看来,你的模板量可能有点 ...

可能没理解,同一个泳道,为什么上边深,下边浅。。。看清了,是同一个泳道。
Ta值是什么?我这是srap,用的标准扩增程序,没改变什么。
从哪里可以看到我模板量有点多?求解。我上了2微升样品,1微升buffer.
阳光暖暖的,心情暖暖的,努力做个精致的女人!
5楼2011-07-21 21:10:56
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墨池

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 空谷幽风 at 2011-07-20 22:32:50:
(1)关于发论文是用宽泳道还是窄泳道的图片我不太清楚,不过泳道越宽,通量越小,如果你一块胶上必须要点这么多样的话你用宽泳道来跑估计不够吧
(2)关于背景颜色不一致,这是与你样品的浓度来决定的,上样量越 ...

1 通量是虾米意思?
2 为虾米同一个泳道,上边背景色深,下边背景色浅,这应该跟上样量没关系了吧(*^__^*) 嘻嘻

谢谢
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6楼2011-07-21 21:16:24
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anlewo7777

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
墨池(金币+1): 2011-07-21 22:02:58
dhd997(金币+5): good 2011-07-22 08:19:37
同一泳道内背景染色有深有浅,这里的背景是你的PCR体系非特异扩增产生的,那里有了一定量的DNA,而且在大小上是连续的,颜色深浅代表了DNA量的不一样;Ta值我指的是变性温度,你做的可能是随机引物在基因组里的扩增,用的变性温度比较低,所以扩增不特异;我说你的模板可能有点多,是以我自己的经验来的,依据是扩增不特异,你可以在数量级的水平上减少模板量,看看所谓的‘背景“是否会变轻,可能图会漂亮些。
另,空谷虫友所说的通量在这里我理解是一块胶可以上样的数量的多少
7楼2011-07-21 21:52:47
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changes

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
墨池(金币+1): 2011-07-21 22:00:43
dhd997(金币+5): good 2011-07-22 08:19:48
1   这么窄的泳道,好不好,我看好多人发的论文都是宽泳道,而且这板子上样量好小,我上到3微升就有可能溢出来。
你是用的长城齿梳子吧,可以选宽的试试,但是感觉这不是重点。
2    为什么染色,背景色不均匀。可否列举尽可能多的原因,我再一一排除。
染色后背景色不均匀的问题,可能原因:1 玻璃板没有洗干净,玻璃板一定要洗干净,且用去离子水冲洗;2. PCR扩增体系不理想,导致非特异片段集中在上部,跑不下来;3. 染色时加入的显影液不匀或为摇晃(不会特别影响)。
3     4条比较清楚的都是DL2000MARKER,为什么染色时,marker总是比样品的条带显现快
PCR产物上样量太少,结合的阴离子就少,显影肯定就慢且不明显。

建议跟实验室的师姐、师兄多学学,我也正在学习中,祝顺利。
8楼2011-07-21 21:55:32
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墨池

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by changes at 2011-07-21 21:55:32:
1   这么窄的泳道,好不好,我看好多人发的论文都是宽泳道,而且这板子上样量好小,我上到3微升就有可能溢出来。
你是用的长城齿梳子吧,可以选宽的试试,但是感觉这不是重点。
2    为什么染色,背景色不均匀。 ...

1 我玻璃板都是用自来水洗干净,再用吹风机吹干的,哪有那么多去离子水。。。浪费啊。。。
唉--咦---
阳光暖暖的,心情暖暖的,努力做个精致的女人!
9楼2011-07-21 22:02:22
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changes

木虫 (正式写手)

★ ★
西瓜(金币+2): Good! 2011-07-22 12:12:35
引用回帖:
Originally posted by 墨池 at 2011-07-21 22:02:22:
1 我玻璃板都是用自来水洗干净,再用吹风机吹干的,哪有那么多去离子水。。。浪费啊。。。
唉--咦---

不需要很多去离子水的,只是冲洗一下,不是浸泡,应该用不到100ml的。
10楼2011-07-21 22:03:32
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