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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何根据DNA测序来判断蛋白质的序列呢？
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匿名

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1楼 2011-06-06 13:37:35
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阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


693991425(金币+8): 2011-06-08 15:58:32
首先，你要确定一件事，那就是这几个蛋白质有人研究过没有 ？还是最新发现的蛋白质？
如果没有人研究过，那就得用4楼bio-research 兄得方法先测部分氨基酸，然后设计引物克隆了。比较复杂。
如果有人研究过，那就很好办了，直接把你的蛋白的名字输入到NCBI的gene或者uncleotide数据库去，就可以得到其序列了，当然NCBI还是要自己看，头次上去的话还是很多地方要摸索。
建议先去NCBI搜索下，如果搜索得到当然好，搜索不到那就麻烦点吧。

如果可以的话，楼主可以把那几个蛋白告诉我，我可以帮你搜索下。
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693991425
7楼2011-06-08 08:46:16
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dream-fish

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
silicare(金币+3): primer5 is ok 2011-06-07 18:30:50
693991425(金币+5): 2011-06-08 08:26:50
先克隆到基因之后，送测序公司测序。然后有软件把DNA序列直接转换成氨基酸序列就好了啊。我常用的就是primer 5.大部分生物序列分析软件都有这个功能。
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2楼2011-06-07 16:47:49
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dream-fish

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

693991425(金币+5): 2011-06-08 08:27:12
关于基因选取的问题就要看你做的这几个蛋白质是被人研究过吗？如果别人有研究过公布了序列就直接在NCBI上面去下载序列设计引物就好了。如果没有人研究过，那么就比较困难了，呵呵。
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3楼2011-06-07 16:49:45
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bio-research

金虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

693991425(金币+15): 2011-06-08 08:28:38
silicare(EPI+1): 2011-06-09 12:36:48
1. I assume proteins of interest are latest, namely other people have little research, because you are going to sequence them.
2. you should get coresponding mRNAs according to those proteins, not DNA.
3. How can you obtain the mRNAs of interest? you should acquire short amino acid sequence of those proteins through mass spectrometry. according to those short amino acid sequence, you can design degenerate oligonucleotide primers, then use those primers to clone genes (cDNA) of interest.
4. clone plasmid construction and sequencing them, or directly sequencing those DNA fragments.
5. you can acquire the amino acid sequence of those proteins according to those DNA sequences through triplet codon.
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家有小子初长成!(Nothing is impossible to a willing heart!)
4楼2011-06-07 22:32:33
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