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seamuse

木虫 (著名写手)

[求助] 转基因植株DNA PCR检测要不就不出带,要不就连水和阴性对照都出带???急急急!!!

我最近在检测转基因植株T1和T4代DNA,用CTAB法小提的,DNA原液的浓度是3000ng/ul左右,(见附件)稀释20倍后取2微升做的模板,引物1(有师姐已经用过了,效果还挺好的)扩增的片段大小在950bp左右,25微升体系如下
buffer 2.5,
dntp 2,
引物各1微升,
taq酶(5U)0.2微升
模板 2 微升
水 16.3
扩增程序如下95 5min ,94 50s,56 40s,72 90s,35循环,72,10min.
但是扩增结果总是不好,开始是只有很少的几个样出带,(应该大部分都是阳性植株才对,因为上一代都是检测过的,)其中也包括阳性的质粒对照,见图1,
我以为是引物合成不好,就重新合成了但是结果还是不好,后来又设计了几对引物但结果还是不好,要不就是连水和转基因母本(阴性对照)都出带,要不就是还是和之前一样都不出带,从第2张图开始就是另外的引物跑的了,只要出带的都在目的带的大小左右
图1
上面的一排都没出带,就只有下排3个出带的,最后一个是阳性对照


图2
水也出带了,是什么原因啊,换了水和引物后又都不出带了,而且本来同样的体系这一次水没带,下一次又有了

图3也是同样的情况,水和阴性对照(bfck)都出带了

图4pcr,有类似于弥散的现象,还有的就是最下面很亮类似于引物二聚体,像彗星似的带,这张的图放反了,MAKER也表示反了

图5,前面的都有带,但很模糊,后面的都没有了而且拖尾现象严重,


[ Last edited by seamuse on 2011-5-18 at 18:14 ]
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seamuse

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 太极拳 at 2011-05-22 23:46:57:
不值楼主基因组是什么基因组?哪种植物的?有些植物基因组过大,很不容易扩增出条带。另外,楼主可以做几个梯度试试,因为不同的人手法不同,比如,别人用56℃的退火温度就能扩的很好,而自己就不一定可以,所以最 ...

我做的是小麦的,梯度也做过了,刚开始没有污染时,做个梯度,有几个退火温度都做过,但就出几条带,后来污染后就是不管多少度都很容易出带了
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9楼2011-05-24 15:41:50
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查看全部 11 个回答

seamuse

木虫 (著名写手)

求回复啊,万分感谢!
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2楼2011-05-18 19:09:32
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谁伴我闯荡

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5): good 2011-05-19 12:46:11
seamuse(金币+5): 非常感谢你的建议!! 2011-05-19 13:12:05
首先排除模板污染,另外就是避免上样过程中样品漂移。只用双蒸水做一次P,看结果如何;
再找一些未转基因的样品,进行PCR,避免基因组出现错配导致的假阳性;
不出带的和弥散的,估计是引物的问题。可以考虑调整一下退火温度,检查一下引物的匹配度。
我能想到的就这些,祝楼主好运~!
此生愿为扑火蛾,纵是焚化亦无悔
3楼2011-05-19 09:19:15
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seamuse

木虫 (著名写手)

恩,谢谢,发现有水和阴性对照污染后,我就又用无菌水重新稀释的新的引物,跑了下发现水没带了,但是今天又换了对引物后(也是用灭过菌的水稀释的)水又有带了,哎,我是真郁闷了。关于退火温度,我做过梯度的,没多大用处,不太稳定!
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4楼2011-05-19 18:39:15
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