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该死的玻璃杯

新虫 (初入文坛)

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虫号: 1294645
注册: 2011-05-13

[求助] 为什么DNA提取总降解

目的：从一种丝状真菌中提取DNA进行基因组测序。

问题：使用过多种方法进行提取（液氮研磨、珠打、玻璃棒研磨等）。提取最后样品加TE/水溶解后样品呈乳白色，看不到通常DNA的絮状沉淀。跑胶检测，RNA条带非常亮，看不到DNA条带或者带很弱。样品提取之后曾使用RNase进行处理、使用常规方法提取后过柱子回收DNA、在提取过程中在CTAB温育之前进行RNase的处理等。该DNA样品含有很多RNA，需要处理掉RNA，但是其DNA对酶极其敏感，甚至沸水处理了半小时的RNase溶液加入样品中也可以造成DNA的降解，包括过柱子的方法也造成DNA的降解。

说明：该菌含多糖较多，生长缓慢

请高人指教！

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1楼 2011-05-18 09:00:30

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w2boluo

金虫 (小有名气)

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专业: 植物生殖生物学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4, MolEPI+1): Good! EDTA通过螯合金属离子，可以抑制包括DNA酶在内的很多酶的活性。 2011-08-10 23:21:48
小丹木木: 回帖置顶 2012-02-20 15:09:29

dna容易被降解多半因为有内原性的核酸酶没有去除，解决办法是楼上说的酚氯仿抽提，但真菌基因组较大，容易因该操作发生断裂，也可以在最后加一步蛋白酶K消化，体系中加入较多量的EDTA，因杂质性质的DNA酶多数需要金属离子做辅酶。

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How about the future？

9楼2011-08-10 23:08:22

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追远0102

新虫 (小有名气)

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性别: MM
专业: 疫苗和佐剂研究/接种/免疫

引用回帖:

Originally posted by 该死的玻璃杯 at 2011-05-18 09:00:30:
目的：从一种丝状真菌中提取DNA进行基因组测序。

问题：使用过多种方法进行提取（液氮研磨、珠打、玻璃棒研磨等）。提取最后样品加TE/水溶解后样品呈乳白色，看不到通常DNA的絮状沉淀。跑胶检测，RNA条带非常亮 ...

开学再读研，顶起，我也想知道

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逐步适应

2楼2011-05-18 11:18:17

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