| 查看: 2745 | 回复: 9 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性边界条件问题
|
|
大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有7人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
周期性边界条件相关问题
已经有6人回复- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊
已经有10人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
【MLPA-NGS 技术】Y 染色体微缺失 / SNP 分型 /mtDNA 检测试剂盒，现货直供！
+1/94
-
双一流大学湘潭大学“化工过程模拟与强化”国家地方联合工程研究中心招收各类博士生
+1/85
-
加拿大/英属哥伦比亚大学曹彦凯课题组招收全奖博士/博后 [机器学习/优化/控制方向]
+1/82
-
硫化物全固态电池的产业化破局：手套箱如何实现全线稳定制造
+1/80
-
中国科学技术大学 精准智能化学重点实验室 武建昌课题组招聘博士后
+1/79
-
双一流大学-湘潭大学“电化学能源储存与转换”湖南省重点实验室招生电池方向博士生
+1/75
-
同济大学 物理科学与工程学院 陈振跃（国家高层次青年人才） 课题组招聘博士后
+1/71
-
以色列理工-生物质塑料等催化转化及流体力学方向---全奖博士研究生和科研助理
+2/70
-
工作一年半了，突然分配到浮选药剂的合成，我想问问浮选药剂是不是夕阳产业了
+1/32
-
荷兰Utrecht University超快太赫兹光谱王海教授课题招收2026 CSC博士生
+1/29
-
浙江工业大学国家优青朱艺涵团队在固态电池解构与设计方向招收2026年博士生2名
+1/23
-
今年的函评专家费收到了吗
+1/20
-
博士后招聘-复旦大学生科院-王炜课题组-化学微生物组学
+1/16
-
招聘2026年入学博士生
+1/7
-
招若干有机合成人员 (中山大学)
+1/6
-
国家纳米科学中心鄢勇课题组26年博士招生
+1/6
-
大连工业杰青、长江团队-生物质材料方向招收2026级博士生
+1/5
-
招收26年秋季入学博士生（北科大高精尖学院 力学超材料/机器学习/增材制造相关方向）
+1/4
-
QS Top-88悉尼科技大学数据科学/AI 招收2026年入学 校奖 博士生2名，3月底截止
+1/4
-
三峡集团科研院海上风电研究项目实习生招聘公告
+1/1
2楼2011-04-18 08:28:28
3楼2011-04-18 09:22:55
4楼2011-04-18 12:50:16
5楼2011-04-19 09:23:11
6楼2011-04-19 13:07:42
|
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7楼2011-04-20 09:13:08
8楼2011-04-20 10:21:53
最近机器挂了，郁闷~9楼2011-04-20 10:27:09
，但是学习的过程是漫长的
10楼2011-04-20 10:34:40