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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs周期性边界条件问题
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0419xuhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gromacs周期性边界条件问题

大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。
但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的：
  385Cl     Cl  6529     nan     nan     nan     nan     nan     nan

“nan”是什么意思啊？
是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。
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1楼 2011-04-16 09:06:40
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
"nan"就是“难”的意思，说你这个很难实现！哈哈~~~
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2楼2011-04-18 08:28:28
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0419xuhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-04-18 08:28:28:
"nan"就是“难”的意思，说你这个很难实现！哈哈~~~

这个你真懂？
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3楼2011-04-18 09:22:55
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changle

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-18 12:57:42
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-18 09:22:55:
这个你真懂？

呵呵，人家跟你开玩笑呢。数据溢出了。
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4楼2011-04-18 12:50:16
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0419xuhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by changle at 2011-04-18 12:50:16:
呵呵，人家跟你开玩笑呢。数据溢出了。

呵呵，我知道他在忽悠我，那是我同学。
请问你知道有什么好的解决办法吗？我用周期性边界条件跑不动，不用周期性体系崩溃~哎，最近很郁闷。
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5楼2011-04-19 09:23:11
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changle

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:33:06
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-19 09:23:11:
呵呵，我知道他在忽悠我，那是我同学。
请问你知道有什么好的解决办法吗？我用周期性边界条件跑不动，不用周期性体系崩溃~哎，最近很郁闷。

什么问题要看过mdp文件才知道。
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6楼2011-04-19 13:07:42
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0419xuhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by changle at 2011-04-19 13:07:42:
什么问题要看过mdp文件才知道。

你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！

cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  none
integrator          =  md
tinit               =  0
dt                  =  0.001
nsteps              =  1000000
init_step           =  0
nstcomm             =  1
nstxout             =  1000
nstvout             =  1000
nstfout             =  1000
nstcheckpoint       =  1000
ns_type             =  grid
pbc                 =  no
rlist               =  1.2
nstlist             =  5
morse               =  no
coulombtype         =  Cut-off
rcoulomb            =  1.2
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing      = 0.12
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
fourier_nx          = 0
fourier_ny          = 0
fourier_nz          = 0
pme_order           = 4
vdw_type            =  Switch
rvdw                =  1.2
rvdw_switch         =  0.9
DispCorr            =  no
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               = 0.1
ref_t               = 373
Pcoupl              = no
Pcoupltype          = isotropic
tau_p               = 1.0
compressibility     = 4.5e-5
ref_p               = 1.0
gen_vel             = no
gen_temp            = 600
gen_seed            = 173529
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7楼2011-04-20 09:13:08
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changle

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
0419xuhao(金币+5): 2011-04-20 10:27:32
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-20 09:13:08:
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！

cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  none
integrator          =  md
tinit               =  0
dt               ...

constraints         =  none
原子没有加约束

ref_t               = 373
gen_temp            = 600
温度不一致
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8楼2011-04-20 10:21:53
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0419xuhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by changle at 2011-04-20 10:21:53:
constraints         =  none
原子没有加约束

ref_t               = 373
gen_temp            = 600
温度不一致

约束一直没搞明白，所以没加，不知道加和不加有什么区别没有？

我把gen_vel             = no 去掉了，还以为以下不管用了呢，所以没改，我再试试，谢谢回复，最近机器挂了，郁闷~
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9楼2011-04-20 10:27:09
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changle

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-20 17:15:51
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-20 10:27:09:
约束一直没搞明白，所以没加，不知道加和不加有什么区别没有？

我把gen_vel             = no 去掉了，还以为以下不管用了呢，所以没改，我再试试，谢谢回复，最近机器挂了，郁闷~

约束是对共价键的，不加的话会导致共价键断裂，数据发散。
楼主初学吗？建议找个老手指导一下，有机会的可以参加一下学术讨论班，这样对提高很有帮助。总之，gromacs能够用好功能还是很强大的，但是学习的过程是漫长的
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10楼2011-04-20 10:34:40
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