应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs周期性边界条件问题
51/1返回列表
查看: 2749  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

0419xuhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gromacs周期性边界条件问题

大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。
但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的：
  385Cl     Cl  6529     nan     nan     nan     nan     nan     nan

“nan”是什么意思啊？
是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2011-04-16 09:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changle

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
0419xuhao(金币+5): 2011-04-20 10:27:32
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-20 09:13:08:
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！

cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  none
integrator          =  md
tinit               =  0
dt               ...

constraints         =  none
原子没有加约束

ref_t               = 373
gen_temp            = 600
温度不一致
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-04-20 10:21:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
"nan"就是“难”的意思，说你这个很难实现！哈哈~~~
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-18 08:28:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0419xuhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-04-18 08:28:28:
"nan"就是“难”的意思，说你这个很难实现！哈哈~~~

这个你真懂？
回复此楼
3楼2011-04-18 09:22:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changle

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-18 12:57:42
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-18 09:22:55:
这个你真懂？

呵呵，人家跟你开玩笑呢。数据溢出了。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-04-18 12:50:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭