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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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0419xuhao

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助】gromacs周期性边界条件问题

大家好,我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的,mdp文件我也按手册上的改了。
但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢?全是这样的:
  385Cl     Cl  6529     nan     nan     nan     nan     nan     nan

“nan”是什么意思啊?
是我设置的问题,还是有什么别的需要注意的地方?请高手指教。
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changle

木虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
0419xuhao(金币+5): 2011-04-20 10:27:32
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-20 09:13:08:
你好,这是我没加压力时的的mdp文件,麻烦你看下吧。谢谢!

cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  none
integrator          =  md
tinit               =  0
dt               ...

constraints         =  none
原子没有加约束

ref_t               = 373
gen_temp            = 600
温度不一致
8楼2011-04-20 10:21:53
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查看全部 10 个回答

shengxiang

木虫 (著名写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
"nan"就是“难”的意思,说你这个很难实现!哈哈~~~
2楼2011-04-18 08:28:28
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0419xuhao

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-04-18 08:28:28:
"nan"就是“难”的意思,说你这个很难实现!哈哈~~~

这个你真懂?
3楼2011-04-18 09:22:55
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changle

木虫 (小有名气)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-18 12:57:42
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-18 09:22:55:
这个你真懂?

呵呵,人家跟你开玩笑呢。数据溢出了。
4楼2011-04-18 12:50:16
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