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plafalines

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊

建立了一个800多个水的盒子

总是出现:

Molecular Dynamics Trajectory via Velocity Verlet Algorithm

RATTLE  --  Warning, Distance Constraints not Satisfied

TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation

真心困惑~~求教

还有 哪里可以下载tinker的windows版本的啊  

我在网上貌似找到 无法下载

[ Last edited by plafalines on 2011-4-26 at 19:32 ]
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dream1021

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-27 15:34:36
plafalines(金币+2): 2011-04-27 18:55:19
御剑江湖(金币+1): 五一快乐 2011-05-01 23:26:56
引用回帖:
Originally posted by plafalines at 2011-04-26 19:30:43:
建立了一个800多个水的盒子

总是出现:

Molecular Dynamics Trajectory via Velocity Verlet Algorithm

RATTLE  --  Warning, Distance Constraints not Satisfied

TINKER is Unable to Continue; ...

http://dasher.wustl.edu/tinker/     这个网站上有的,tinker的官方网站
2楼2011-04-26 19:38:39
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谭老斗

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


御剑江湖(金币+1): 五一快乐 2011-05-01 23:27:06
请问楼主QQ号,我也要用TINKER,想跟楼主请教请教
3楼2011-04-28 10:15:10
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dream1021

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 谭老斗 at 2011-04-28 10:15:10:
请问楼主QQ号,我也要用TINKER,想跟楼主请教请教

你留下你的QQ号,我加你吧
4楼2011-04-28 20:28:42
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apple_gao

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-29 19:06:30
你这个是不是定义相互作用键长bond出了问题。。。

楼主可以说得再详细点吗?

描述什么相互作用了?

另外,我觉得你可以先把原子数写少一些,一点点确认没问题了再算大体系。原子数少,错误比较好发现。我之前就这么一步步弄的
5楼2011-04-28 21:06:08
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Ben9908

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 五一快乐 2011-05-01 23:27:20
建议不要使用Tinker,我感觉不是很好
6楼2011-05-01 22:32:42
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dream1021

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by Ben9908 at 2011-05-01 22:32:42:
建议不要使用Tinker,我感觉不是很好

你使用过吗?为什么这么说呢
7楼2011-05-02 10:13:52
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qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-02 14:14:47
如果自己想写一些代码, 或者在做其他计算, 比如fit 力场的时候, 套用一下MD, 那么Tinker不错, 比较容易上手. 如果纯粹的将Tinker作为一个MD的计算引擎, 它的速度及其不快. 建议转gromacs 或者 lammps
Life, Love, Laugh.
8楼2011-05-02 11:41:54
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Ben9908

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Tinker只能拟合一些参数,而且拟合的参数不能直接用到用到其他程序中去,Tinker的程序不是很系统,推广起来比较有局限,它的极化力场的速度尤其慢,而且不是并行版本,使用它要有耐心
9楼2011-05-02 21:16:55
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Ben9908

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-03 17:28:44
楼主在建建水盒子时,是否使用周期性边界条件,是否在参数文件里说明周期性边界条件
10楼2011-05-02 21:20:41
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