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plafalines

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊

建立了一个800多个水的盒子

总是出现:

Molecular Dynamics Trajectory via Velocity Verlet Algorithm

RATTLE  --  Warning, Distance Constraints not Satisfied

TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation

真心困惑~~求教

还有 哪里可以下载tinker的windows版本的啊  

我在网上貌似找到 无法下载

[ Last edited by plafalines on 2011-4-26 at 19:32 ]
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Ben9908

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 五一快乐 2011-05-01 23:27:20
建议不要使用Tinker,我感觉不是很好
6楼2011-05-01 22:32:42
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Ben9908

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Tinker只能拟合一些参数,而且拟合的参数不能直接用到用到其他程序中去,Tinker的程序不是很系统,推广起来比较有局限,它的极化力场的速度尤其慢,而且不是并行版本,使用它要有耐心
9楼2011-05-02 21:16:55
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Ben9908

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-03 17:28:44
楼主在建建水盒子时,是否使用周期性边界条件,是否在参数文件里说明周期性边界条件
10楼2011-05-02 21:20:41
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