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[交流]
【求助】gromacs周期性边界条件问题
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大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。 |
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 gromacs |
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3楼2011-04-18 09:22:55
4楼2011-04-18 12:50:16
5楼2011-04-19 09:23:11
6楼2011-04-19 13:07:42
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你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7楼2011-04-20 09:13:08
8楼2011-04-20 10:21:53
最近机器挂了，郁闷~9楼2011-04-20 10:27:09
，但是学习的过程是漫长的
10楼2011-04-20 10:34:40