| 查看: 2832 | 回复: 9 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性边界条件问题
|
|
大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
遇见不省心的家人很难过
已经有16人回复
-
退学或坚持读
已经有25人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有4人回复
-
免疫学博士有名额，速联系
已经有14人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有4人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 周期性边界条件相关问题
已经有6人回复
- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊
已经有10人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
哈尔滨工程大学青岛创新发展基地招聘青年教师
+1/511
-
南方医科大学中药学院 申请考核博士一名 （天然药化方向，天然产物分离经验优先）
+1/272
-
Postdoctoral Research Fellow Position in Causal Inference Weill CorneIl Medicine
+1/92
-
深圳大学信息功能电子材料方向“申请-考核制”博士生招生
+2/70
-
深圳大学柔性电子材料方向“申请-考核制”博士生招生
+2/66
-
香港科技大学计算物理及流体力学课题组招收全奖博士后及博士生（2026年9月入学）
+1/44
-
山东科技大学招聘化学化工博士博士后
+1/28
-
江西理工大学 稀土学院 稀土功能材料方向 招收2026届博士研究生、硕士研究生
+1/28
-
教育部重点实验室和清华大学某国家重点实验室，联合培养硕生、博生，并长期招博士后
+1/27
-
意大利华人老师University of Padova-全额奖学金博士
+1/13
-
南京林业大学国家级青年人才团队招收2026年生物质转化/炭材料/储能等方向博士生
+1/10
-
太原理工大学集成电路学院院长团队招收2026年博士研究生
+1/7
-
苏州大学招收申请考核制博士生、博士后（2026）
+1/6
-
山东第一医科大学第一附属医院招聘事业编制科研岗
+1/5
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
+1/3
-
26博士申请
+1/3
-
双一流联合团队招聘团队青年人才与博后
+1/2
-
海南大学生态学博士点招收2026年博士研究生（第二批）
+1/1
-
211大学-课题组招收学术博士生
+1/1
-
接理论计算，主要包含第一性原理、分子动力学、机器学习、有限元模拟等，欢迎学术交流
+1/1
2楼2011-04-18 08:28:28
3楼2011-04-18 09:22:55
4楼2011-04-18 12:50:16
5楼2011-04-19 09:23:11
6楼2011-04-19 13:07:42
|
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7楼2011-04-20 09:13:08
8楼2011-04-20 10:21:53
最近机器挂了，郁闷~ 9楼2011-04-20 10:27:09
，但是学习的过程是漫长的
10楼2011-04-20 10:34:40