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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs周期性边界条件问题
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0419xuhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gromacs周期性边界条件问题

大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。
但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的：
  385Cl     Cl  6529     nan     nan     nan     nan     nan     nan

“nan”是什么意思啊？
是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。
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1楼 2011-04-16 09:06:40
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changle

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:33:06
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-19 09:23:11:
呵呵，我知道他在忽悠我，那是我同学。
请问你知道有什么好的解决办法吗？我用周期性边界条件跑不动，不用周期性体系崩溃~哎，最近很郁闷。

什么问题要看过mdp文件才知道。
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6楼2011-04-19 13:07:42
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
"nan"就是“难”的意思，说你这个很难实现！哈哈~~~
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2楼2011-04-18 08:28:28
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0419xuhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-04-18 08:28:28:
"nan"就是“难”的意思，说你这个很难实现！哈哈~~~

这个你真懂？
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3楼2011-04-18 09:22:55
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changle

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-18 12:57:42
引用回帖:
Originally posted by 0419xuhao at 2011-04-18 09:22:55:
这个你真懂？

呵呵，人家跟你开玩笑呢。数据溢出了。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-04-18 12:50:16
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