24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

0419xuhao

金虫 (小有名气)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 2957.5
帖子: 104
在线: 71.6小时
虫号: 871726

[交流] 【求助】gromacs周期性边界条件问题

大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。
但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的：
385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan

“nan”是什么意思啊？
是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

周期性边界条件相关问题已经有6人回复
请问周期性边界条件什么意思？已经有6人回复
小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊已经有10人回复
【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 已经有82人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】gromacs的又一个问题已经有22人回复
【求助】gromacs出现了一个问题已经有10人回复
【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置已经有4人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-04-16 09:06:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

0419xuhao

金虫 (小有名气)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 2957.5
帖子: 104
在线: 71.6小时
虫号: 871726

引用回帖:

Originally posted by changle at 2011-04-19 13:07:42:
什么问题要看过mdp文件才知道。

你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！

cpp                =  /usr/bin/cpp
constraints       =  none
integrator       =  md
tinit             =  0
dt                =  0.001
nsteps             =  1000000
init_step          =  0
nstcomm          =  1
nstxout          =  1000
nstvout          =  1000
nstfout          =  1000
nstcheckpoint    =  1000
ns_type          =  grid
pbc                =  no
rlist             =  1.2
nstlist          =  5
morse             =  no
coulombtype       =  Cut-off
rcoulomb          =  1.2
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing    = 0.12
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
fourier_nx       = 0
fourier_ny       = 0
fourier_nz       = 0
pme_order          = 4
vdw_type          =  Switch
rvdw             =  1.2
rvdw_switch       =  0.9
DispCorr          =  no
Tcoupl             =  berendsen
tau_t             = 0.1
ref_t             = 373
Pcoupl             = no
Pcoupltype       = isotropic
tau_p             = 1.0
compressibility    = 4.5e-5
ref_p             = 1.0
gen_vel          = no
gen_temp          = 600
gen_seed          = 173529