| 查看: 2743 | 回复: 9 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性边界条件问题
|
||||
|
大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有7人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
周期性边界条件相关问题
已经有6人回复- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊
已经有10人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
中国地质大学（武汉）杨明教授组招收2026年博士
+2/430
-
鲁东大学硕士研究生招生
+1/132
-
加拿大/英属哥伦比亚大学曹彦凯课题组招收全奖博士/博后 [机器学习/优化/控制方向]
+1/82
-
天津大学精密测试技术及仪器全国重点实验室柔性电子技术实验室专任副研究员招聘启事
+1/77
-
南昌大学药学博士招生
+1/38
-
QS TOP100英国南安普顿大学数字健康与生医工招博后，博士，Fellowship，访问学者
+1/35
-
浙江工业大学国家优青朱艺涵团队在固态电池解构与设计方向招收2026年博士生2名
+1/23
-
同济大学段宁院士徐夫元教授团队：招聘博士后+欢迎依托申报海优
+1/14
-
长春理工大学和西安工业大学主动光电探测成像技术重点实验室招收博士生
+1/13
-
2026年博士申请-全固态锂金属电池方向-聚合物电解质+硫化物电解质
+1/12
-
澳门科技大学2026年数学博士招生——计算物理与数学课题组: 相场与计算流体动力学
+1/11
-
限广州，征女友
+2/10
-
博士/硕士招生
+1/10
-
意大利CSC机器人方向博士招生
+1/7
-
3 纯 4 自 7 己 0 写 9 非 ③ 中 1 介 ⑦ 优0 惠，SCI辅助
+1/6
-
香港城市大学 Microsystems and Semiconductor Technology Lab 博士生招生启事
+1/5
-
中山大学院士团队王来源教授课题组招聘博士后
+2/4
-
上海中医药大学 谢老师课题组招收2026年申请考核博士生1名
+1/2
-
大连海事大学国家级人才团队2026年博士研究生招生启事
+1/1
-
招收2026年入学博士学生 国家纳米科学中心曹宇虹课题组
+1/1
|
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7楼2011-04-20 09:13:08
2楼2011-04-18 08:28:28
3楼2011-04-18 09:22:55
4楼2011-04-18 12:50:16