| 查看: 2857 | 回复: 9 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性边界条件问题
|
||||
|
大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有9人回复
-
版面费该交吗
已经有9人回复
-
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低
已经有13人回复
-
面上可以超过30页吧？
已经有4人回复
-
“人文社科而论，许多学术研究还没有达到民国时期的水平”
已经有5人回复
-
什么是人一生最重要的？
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 周期性边界条件相关问题
已经有6人回复
- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊
已经有10人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
单曲循环久了很多都会变
+1/410
-
南通大学生物医药方向国家级人才团队招聘教师
+3/116
-
上海交通大学叶天南课题组招聘2026级博士研究生
+1/88
-
上海交通大学叶天南课题组招聘2026级博士研究生
+1/85
-
广工-董华锋教授团队招收博士生（1学博-0-1专博）
+1/81
-
博洛尼亚大学能源材料课题组2个博后位置招聘（PNRR & MSCA）
+1/80
-
南通大学生物医药方向国家级人才团队招收“申请-考核”制博士研究生20260222
+2/50
-
西工大控制科学博后招聘
+1/49
-
澳门理工大学人工智能智慧康养方向26 年9月入学博士招生 奖学金
+1/42
-
同济大学 环境科学与工程学院 国家级青年人才团队 诚聘脱产博士后
+1/38
-
澳门理工大学人工智能智慧康养2026 年9月入学 博士招生有奖学金
+1/38
-
上海交通大学叶天南课题组招聘2026级博士研究生
+3/37
-
中山大学院士团队微纳光电器件、柔性电子方向博士招生、博后招聘
+2/19
-
北京某研究院结构生物学相关专业申请考核制博士招生（春季）
+1/14
-
新西兰 奥克兰理工大学（AUT）招博士，海藻资源化方向，详情请见如下内容，谢谢！
+1/13
-
香港城市大学招聘博士后 (有机合成/催化/流动化学)
+1/11
-
新加坡南洋理工大学- 光电/ 智能传感/ 脑机接口方向 博士后
+1/10
-
青岛大学纺织服装学院张宪胜教授招收博士研究生
+1/9
-
新加坡南洋理工大学- 光电/ 智能传感/ 脑机接口方向 博士后
+1/8
-
澳科大招收2026秋纳米医学/生物材料方向全奖博士研究生（3月5日18:00截止）
+1/2
|
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7楼2011-04-20 09:13:08
2楼2011-04-18 08:28:28
3楼2011-04-18 09:22:55
4楼2011-04-18 12:50:16