| 查看: 3134 | 回复: 9 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性边界条件问题
|
||||
|
大家好，我看到文献上有不用周期性边界条件在gromacs中做动力学的，mdp文件我也按手册上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都没有坐标呢？全是这样的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我设置的问题，还是有什么别的需要注意的地方？请高手指教。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
网络举报学术不端成为了男女之间情杀的手段了，真荒唐。。。
已经有3人回复
-
大龄残疾硕士的一点执念
已经有20人回复
-
2026年面上项目中了，2A+B, 会评顺利通过
已经有12人回复
-
Suzuki偶联中硼酸酯原料掉下的硼酸酯是否可以自身偶联，生成B2Pin2杂质
已经有3人回复
-
今年E04面上
已经有19人回复
-
刑法学论文投稿求助
已经有5人回复
-
Journal of Environmental Chemical Engineering
已经有3人回复
-
最后一年，祈求好运
已经有3人回复
-
风电环氧领域
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 周期性边界条件相关问题
已经有6人回复
- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- 小弟刚学tinker 很多问题搞不清楚啊
已经有10人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
热分析测试
+1/88
-
化学所分子识别实验室公开招聘项目聘用人员
+1/83
-
韩国延世大学(QS世界大学排名第42位)材料工程专业招聘博士后
+5/40
-
华南理工大学电力学院雪映教授招收博士生（2027年秋季入学）
+2/38
-
Monash University, 低碳冶金建模方向博士生招生(3-6名)，位置开放至2028年12月31号 [
+1/35
-
四川大学华西医院高瞻课题组诚聘博后、博士/硕士生及科研助理 （柔性医疗电子）
+1/32
-
中科院研究所招聘科研/实验助理一名
+1/31
-
研究所招聘科研/实验助理一名
+1/28
-
耳石症，好好晕，好难受，有没有同道中人，支个招
+1/12
-
双一流高校招收博士（现代技术管理/环境技术经济管理）及硕士研究生（长期有效）
+1/8
-
量子化学软件开发工程师-深圳
+1/5
-
***超龄的未婚大叔希望能找到女结婚对象（沪深周围）
+2/4
-
力学研究所某专项团队支撑岗位和特别研究助理岗位招聘启事(长期有效)
+1/4
-
中科院高能所博士生/联培生招生
+1/3
-
清华大学韩军功教授课题组博士后招聘启事
+1/3
-
计算机方向 文章 辅助
+1/2
-
有机合成工作
+1/2
-
重庆大学药学院沈宏城课题组招聘有机合成科研助理（27年入学博士名额）
+1/2
-
招聘具身智能机器人用二次电池关键材料理论计算与实验制备方向博士后-深圳理工大学
+1/2
-
应聘机构化学教师，急用
+1/1
|
你好，这是我没加压力时的的mdp文件，麻烦你看下吧。谢谢！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7楼2011-04-20 09:13:08
2楼2011-04-18 08:28:28
3楼2011-04-18 09:22:55
4楼2011-04-18 12:50:16