应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】限制性内切酶保护碱基
211/1返回列表
查看: 4884  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看

xwsooo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】限制性内切酶保护碱基

最近要准备做酶切，我不太懂内切酶保护碱基什么意思？引物已经拿给公司合成去了，我并没有考虑到设计什么保护碱基，这有关系么？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-10 22:17:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-11 12:40:34
引用回帖:
Originally posted by xwsooo at 2011-04-10 22:17:22:
最近要准备做酶切，我不太懂内切酶保护碱基什么意思？引物已经拿给公司合成去了，我并没有考虑到设计什么保护碱基，这有关系么？

限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结，在引物的酶切位点外面再加3个以上的碱基就可以了。这里说得很详细，还五颜六色滴，我就不粘过来啦：
http://www.bioask.cn/html/86.html

特别赞成这句：添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。
以前NEB弄了个保护碱基的表，还放在他们的产品目录里。不过现在的产品目录已经没有这个表了，说明NEB也意识到没必要纠结保护碱基的种类了。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-10 22:36:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)
★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-10 22:36:28:
限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结 ...

赞一个

支持
回复此楼
3楼2011-04-10 23:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

roomofxw

木虫 (正式写手)
★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
连到T载体上再切
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-11 09:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)
★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by roomofxw at 2011-04-11 09:13:15:
连到T载体上再切

好办法
回复此楼
6楼2011-04-11 11:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天使托

专家顾问 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+5): good 2011-04-11 12:40:48
保护碱基的目的就是保护引物的，其是也并不一定要添加什么样的保护碱基，只要保证两条引物的GC含量 TM值神马的基本一致就可以，但只有一个目的：就是把目的片段很亮很好的扩增出来，就这个目的！
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-04-11 11:29:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

空谷幽风

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+3): good 2011-04-11 12:40:58
设计引物的时候在5‘端添加4-5个碱基就可以，只要对GC含量没什么大影响，不产生二级结构就可以了
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2011-04-11 12:20:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-10 22:36:28:
限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结 ...

灰常感谢您提供的具体信息。我学习了下，是不是如果酶切位点并不是在5‘一端，而是在扩增片段的中间部分就不用考虑保护碱基，是吗？
赞一下 回复此楼
9楼2011-04-11 13:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xwsooo at 2011-04-11 13:33:02:
灰常感谢您提供的具体信息。我学习了下，是不是如果酶切位点并不是在5‘一端，而是在扩增片段的中间部分就不用考虑保护碱基，是吗？

是这样的，呵呵
酶切位点在中间，两边已经有了大段的序列，那就确实不用考虑保护碱基了。

如果是在引物上引入酶切位点，那保护碱基可以用来调节GC含量、Tm值。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-04-11 13:52:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-11 13:52:48:
是这样的，呵呵
酶切位点在中间，两边已经有了大段的序列，那就确实不用考虑保护碱基了。

如果是在引物上引入酶切位点，那保护碱基可以用来调节GC含量、Tm值。

哦，酱紫啊，多谢
回复此楼
11楼2011-04-11 14:57:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

td0605

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
连接T载体，转化、摇菌、提质粒后再切！
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2011-04-11 15:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙31月彬

新虫 (初入文坛)

很好
回复此楼
13楼2011-11-07 12:26:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ideal9268

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-11-07 18:29:01
保护性碱基是保护酶切位点的，简单来说就是在酶切时给酶提供一个“着陆点”。而且不同的酶都有最合适自己的保护性碱基，所以，如果你还没开始用这个引物，建议你重新设计引物，加上保护性碱基。否则在酶切的时候可能遇到麻烦。
赞一下(2人) 回复此楼
14楼2011-11-07 14:47:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

honey倩

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
568354楼: Originally posted by 天使托 at 2011-04-11 11:29:57:
保护碱基的目的就是保护引物的，其是也并不一定要添加什么样的保护碱基，只要保证两条引物的GC含量 TM值神马的基本一致就可以，但只有一个目的：就是把目的片段很亮很好的扩增出来，就这个目的！

您好，我现在PCR设计的引物，酶切位点之前按照NEB那个表加上保护碱基之后就会出现二级结构，我随便加上几个之后就会避免耳机结构的出现，但是没有用其他的软件进行分析，这种情况的话能保证合成出来吗？
麻烦给分析一下吧…谢谢啦
赞一下 回复此楼
16楼2012-03-26 17:25:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

honey倩

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
575244楼: Originally posted by 西瓜 at 2011-04-11 13:52:48:
是这样的，呵呵
酶切位点在中间，两边已经有了大段的序列，那就确实不用考虑保护碱基了。

如果是在引物上引入酶切位点，那保护碱基可以用来调节GC含量、Tm值。

我刚刚设计的引物，加的酶为Sac 1，那个NEB的表上给出的保护碱基是一个C，我觉着GC含量有点低了Tm值有点高，就又在前边加了一个G，不知道这样会不会影响之后的PCR反应
我觉着我老是问你问题呢，谢谢你的指导，嘿嘿，真的很感谢
赞一下 回复此楼
17楼2012-03-26 19:56:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1254725楼: Originally posted by honey倩 at 2012-03-26 19:56:04:
我刚刚设计的引物，加的酶为Sac 1，那个NEB的表上给出的保护碱基是一个C，我觉着GC含量有点低了Tm值有点高，就又在前边加了一个G，不知道这样会不会影响之后的PCR反应
我觉着我老是问你问题呢，谢谢你的 ...

保护碱基一般加4个以上就可以了。我有时候只用3个，也没有问题。
NEB那个表不用在意，对于保护碱基，数目比碱基类型影响更大，你可以灵活改变碱基的数量和类型来调节Ct值、Tm值或者避免引物二聚体等。不过，如果那个表给出的保护碱基需要很多个，那你就多加一些就行了。
赞一下 回复此楼
18楼2012-03-26 20:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

honey倩

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1254734楼: Originally posted by 西瓜 at 2012-03-26 20:55:33:
保护碱基一般加4个以上就可以了。我有时候只用3个，也没有问题。
NEB那个表不用在意，对于保护碱基，数目比碱基类型影响更大，你可以灵活改变碱基的数量和类型来调节Ct值、Tm值或者避免引物二聚体等。不过，如果 ...

哦~他给出的是一个C，我又加了一个G，我估计应该没事，我看前边师姐做的就是加了两个呢，呵呵，谢谢啦
赞一下 回复此楼
19楼2012-03-27 09:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1254791楼: Originally posted by honey倩 at 2012-03-27 09:15:31:
哦~他给出的是一个C，我又加了一个G，我估计应该没事，我看前边师姐做的就是加了两个呢，呵呵，谢谢啦

不客气啊，呵呵~那应该Ok了
赞一下 回复此楼
20楼2012-03-27 11:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天使托

专家顾问 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1254697楼: Originally posted by honey倩 at 2012-03-26 17:25:26:
您好，我现在PCR设计的引物，酶切位点之前按照NEB那个表加上保护碱基之后就会出现二级结构，我随便加上几个之后就会避免耳机结构的出现，但是没有用其他的软件进行分析，这种情况的话能保证合成出来吗？
麻烦给 ...

这个关系不大，没事的，尽管去合成吧。。。
赞一下 回复此楼
21楼2012-03-27 21:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
sfb10205楼
2011-04-11 09:13   回复  
xwsooo(金币+1):谢谢参与
86531000715楼
2012-02-19 17:14   回复  
顶！！！
相关版块跳转 我要订阅楼主 xwsooo 的主题更新
211/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0860004 求调剂 309分 +5 Yin DY 2026-04-09 5/250 2026-04-09 08:54 by dick_runner
[考研] 086003调剂求助 +7 苏弋万 2026-04-09 7/350 2026-04-09 08:49 by 科研毛毛虫化蝶
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +17 梁富贵险中求 2026-04-04 18/900 2026-04-08 22:53 by may_新宇
[考博] 材料方向考博，求推荐 +3 言语aaa 2026-04-05 4/200 2026-04-08 22:22 by nxgogo
[考研] 285求调剂 +12 AZMK 2026-04-05 18/900 2026-04-08 20:43 by 逆水乘风
[考研] 326分，一志愿沪9，求生物学调剂 +4 刘墨墨 2026-04-05 4/200 2026-04-08 06:22 by lijunpoly
[考研] 363求调剂 +9 zh096 2026-04-04 9/450 2026-04-07 21:51 by 418490947
[考研] 318求调剂 +5 李青山山山 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
[考研] 085404 293求调剂 +8 勇远库爱314 2026-04-06 9/450 2026-04-07 13:05 by flydream1314
[考研] 信工所11408 340分 本科西安交大自动化 +3 moontrek 2026-04-06 3/150 2026-04-07 09:56 by chongya
[考研] 一志愿国科大信工所,英二数二408总分293分求调剂 +3 ilcyuan 2026-04-02 4/200 2026-04-06 16:35 by likeihood
[考研] 0855求调剂材料 +11 红桃灼灼 2026-04-04 12/600 2026-04-06 10:26 by 蓝云思雨
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +11 梁富贵险中求 2026-04-04 13/650 2026-04-06 07:24 by houyaoxu
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 085701求调剂 +7 龚禹铭 2026-04-04 8/400 2026-04-04 13:49 by 小小树2024
[考研] 求调剂，一志愿南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭