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xwsooo

银虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】限制性内切酶保护碱基

最近要准备做酶切,我不太懂内切酶保护碱基什么意思?引物已经拿给公司合成去了,我并没有考虑到设计什么保护碱基,这有关系么?
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)


★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by roomofxw at 2011-04-11 09:13:15:
连到T载体上再切

好办法
6楼2011-04-11 11:11:28
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查看全部 21 个回答
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-11 12:40:34
引用回帖:
Originally posted by xwsooo at 2011-04-10 22:17:22:
最近要准备做酶切,我不太懂内切酶保护碱基什么意思?引物已经拿给公司合成去了,我并没有考虑到设计什么保护碱基,这有关系么?

限制性内切酶识别特定的DNA序列,除此之外,酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基,这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的,被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结,在引物的酶切位点外面再加3个以上的碱基就可以了。这里说得很详细,还五颜六色滴,我就不粘过来啦:
http://www.bioask.cn/html/86.html

特别赞成这句:添加保护碱基时,最关心的应该是保护碱基的数目,而不是种类。
以前NEB弄了个保护碱基的表,还放在他们的产品目录里。不过现在的产品目录已经没有这个表了,说明NEB也意识到没必要纠结保护碱基的种类了。
2楼2011-04-10 22:36:28
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★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-10 22:36:28:
限制性内切酶识别特定的DNA序列,除此之外,酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基,这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的,被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结 ...

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支持
3楼2011-04-10 23:45:09
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★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+5): good 2011-04-11 12:40:48
保护碱基的目的就是保护引物的,其是也并不一定要添加什么样的保护碱基,只要保证两条引物的GC含量 TM值神马的基本一致就可以,但只有一个目的:就是把目的片段很亮很好的扩增出来,就这个目的!
7楼2011-04-11 11:29:57
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