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xwsooo

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】限制性内切酶保护碱基

最近要准备做酶切，我不太懂内切酶保护碱基什么意思？引物已经拿给公司合成去了，我并没有考虑到设计什么保护碱基，这有关系么？

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1楼 2011-04-10 22:17:22

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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)

★
xwsooo(金币+1):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by 西瓜 at 2011-04-10 22:36:28:
限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结 ...

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3楼2011-04-10 23:45:09

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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xwsooo(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-11 12:40:34

引用回帖:

Originally posted by xwsooo at 2011-04-10 22:17:22:
最近要准备做酶切，我不太懂内切酶保护碱基什么意思？引物已经拿给公司合成去了，我并没有考虑到设计什么保护碱基，这有关系么？

限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。

其实保护碱基没有必要太纠结，在引物的酶切位点外面再加3个以上的碱基就可以了。这里说得很详细，还五颜六色滴，我就不粘过来啦：
http://www.bioask.cn/html/86.html

特别赞成这句：添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。
以前NEB弄了个保护碱基的表，还放在他们的产品目录里。不过现在的产品目录已经没有这个表了，说明NEB也意识到没必要纠结保护碱基的种类了。