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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物特异性PCR（SSP-PCR）检测SNP，是不是容易出现杂带呀
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yhy322

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物特异性PCR（SSP-PCR）检测SNP，是不是容易出现杂带呀 已有6人参与

用引物特异性PCR检测单点突变，下游引物一样，上游引物只差一个碱基。分别在两个体系（体系1和体系2）中进行PCR，我觉得结果应该是纯合子只有在体系1或体系2二者之一中有条带，杂合子两个体系都有带，且为同样亮度的。
    但为什么我的结果总会是在一个体系中有清晰条带，另一体系中也有模糊条带。是不是这种方法容易出现这种情况，可不可以认为只要不是同等亮度的都可判断为纯合型？
    请各位大侠指教！非常感谢！
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1楼 2011-04-08 09:36:02
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Starring

新虫 (初入文坛)
★
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dhd997: 你可以引用回复，你想让谁回答，他就可以看到了 2011-05-10 08:45:50
是啊，我的问题就是不管是在哪个体系中，P出来的产物条带都很亮，所以就想测序一下，但是不知道测序后如何判断突变位点的基因型是怎样的情况。
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5楼2011-04-08 13:12:15
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xwsooo

银虫 (小有名气)
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1949stone(金币+4): 很可爱的回复 很有用 2011-04-08 11:14:33
唔，握爪，你跟我做的好像啊。。。“下游引物一样，上游引物只差一个碱基”。我在两个体系中也遇到过这样的问题，你可以提高退火温度或加DMSO看看，可能有些是非特异性条带。。。我原先以为做这个特异性很难保证，但现在看来特异性还是可以的，没有遇到什么非特异性条带（我现在已经合成一个体系了）
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2楼2011-04-08 10:19:16
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Starring

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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1949stone(金币+2): 鼓励 2011-04-08 11:14:42
我和你用的方法是一样的，检测出来的都是杂合子，我都快要崩溃了，不知道是不是方法有问题。
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3楼2011-04-08 10:30:55
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xwsooo

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
嗯，看来这个问题还有共性，值得讨论一下~~~~
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4楼2011-04-08 12:05:12
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