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original900

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】部分酶切的电泳图不知为何成这个样子?有经验的虫虫们帮忙解释一下吧! 已有6人参与

大家好!我做部分酶切后跑胶准备切胶,可是电泳图不知为何成为这个样子?很疑惑,不知该如何解决?请有经验的虫虫们帮忙解决一下,谢谢了!
    现把我试验的大致情况介绍如下:
    我将genomic DNA做Sau3AI的部分酶切预实验(50uL反应体系中,10 X H buffer 5 uL,Sau3AI 0.5 U,genomic DNA 44.5uL),按照5,10,15,20,25,30min分别反应后,跑胶确定最佳酶切条件,电泳图见图1. 图一中第一排第一个孔是DNA+buffer,第二至第五个孔分别是反应5,10,15,20min的酶切效果,第二排中间三个分别是反应25,30,35min的酶切效果。由于上样量很小所以条带不是很亮!但根据图我确定最佳酶切条件是20min。
       然后根据确定的最佳酶切条件进行大量酶切,酶切完成后跑胶,准备切胶回收,可是跑胶结果吓我一跳!泳道两周都是大量亮亮的一团物质,不知是什么?因为我在上样的时候也没有见到任何异常,样品没有漂,也没有溢出来,所以出现这样的结果不知道是什么原因?我又重新重新酶切,点样,跑胶,结果还是这样,所以不知道问题出在哪里?恳请各位指点,谢谢。大量酶切的电泳图见图2.
       备注:由于我要的是2kb以上的片段,所以电泳的时候RNA没有除,图片比较难看,影响整体效果,各位请仔细看啦,不好意思!


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original900

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by liugs at 2011-04-08 14:13:22:
你有没有注意,第一张电泳图上也有类似的亮带;
我认为是由于所提的基因组DNA中含有其他能被你所用的染料着色的物质,而且这种物质可能带有部分正电荷,也有带负电荷的物质,他们在缓冲液中的泳动,造成了你电泳 ...

如果有你说的这种物质存在,那应该采取什么方法去除呢?照常理,采用经典的提DNA的方法应该不会有别的物质提出来?那样的话。多少实践过的同志们跑胶的时候也应该会看到这样的现象,可是现在似乎没有人看到!期待高人、牛人,达人解答......不胜感激!
9楼2011-04-09 22:04:19
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-04-07 20:05:57
部分酶切结果救赎smear的,没有问题。大量酶切最好是多个50ul的体系并列,不要增大体积。

这个酶超级强。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2011-04-07 19:30:35
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jingcao3081

铁杆木虫 (职业作家)

可能酶的问题吧!
活到老!学到老!
3楼2011-04-07 19:31:29
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original900

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-04-07 19:30:35:
部分酶切结果救赎smear的,没有问题。大量酶切最好是多个50ul的体系并列,不要增大体积。

这个酶超级强。

谢谢回复!
对的,我就是50uL体系并列切的,可是点样后跑胶就成那个样子啦,泳道外有很多东西,不知道为什么会出现这样的状况?点样没漂,也没有溢出来,不知为什么会是图2的效果?你见过这样的现象吗?
4楼2011-04-07 20:58:07
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