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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】求思路：用NAMD研究小分子药物-蛋白受体的思路
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crispsoft

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求思路：用NAMD研究小分子药物-蛋白受体的思路

各位高手：
有一点我很困惑，如果我要研究配体-受体间关系，那么在conf文件中，psf文件和pdb文件是不是就必须是配体-受体复合物的psf文件和pdb文件？
分子对接的结果是怎样反映在MD体系的配体-受体各自相对空间位置上的呢？
需不需要在对接时将受体-配体复合物做成一个pdb，到NAMD中将其拆开，再分别生成各自的psf和pdb，以及复合物的psf和pdb，再进行优化和平衡？

谁能大概介绍一下用NAMD研究小分子药物-蛋白受体的思路？
我看了NAMD的User’s Guide，好像涉及的不多。

谢谢！

[ Last edited by crispsoft on 2011-4-2 at 10:55 ]
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1楼 2011-04-02 10:39:45
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