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crispsoft

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[交流] 【求助】求思路:用NAMD研究小分子药物-蛋白受体的思路

各位高手:
有一点我很困惑,如果我要研究配体-受体间关系,那么在conf文件中,psf文件和pdb文件是不是就必须是配体-受体复合物的psf文件和pdb文件?
分子对接的结果是怎样反映在MD体系的配体-受体各自相对空间位置上的呢?
需不需要在对接时将受体-配体复合物做成一个pdb,到NAMD中将其拆开,再分别生成各自的psf和pdb,以及复合物的psf和pdb,再进行优化和平衡?

谁能大概介绍一下用NAMD研究小分子药物-蛋白受体的思路?
我看了NAMD的User’s Guide,好像涉及的不多。

谢谢!

[ Last edited by crispsoft on 2011-4-2 at 10:55 ]
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