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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何保持模拟过程中二聚体对称性
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xd200620940

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何保持模拟过程中二聚体对称性 已有3人参与

一个蛋白可以对称性同源二聚，也可以非对称性异源二聚

工作方案已定，但在进行时，发现有个问题未考虑：动力学过程中蛋白同源二聚体对称性是否保持？


一般性推定：动力学过程中各单体对应原子运动相同，因此二聚体的对称性在动力学过程中应该是保持的

但，动力学结果表明：同源二聚体对称性在动力学过程中发生改变，很是纠结.......

请教达人：
1. 二聚体对称性在动力学过程中是否改变？若变化，是二聚体的本身结构动力学特征，还是模拟参数设置存在问题？
         
2. 是否需要设置对称性保持模拟参数？若需要，如何设置？

[ Last edited by xd200620940 on 2011-3-26 at 22:05 ]
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1楼 2011-03-26 22:03:55
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xd200620940

铜虫 (正式写手)

谢谢讨论

谢谢你的讨论！

确实是正常的
但我的目的是要分析单体与二聚体的结构差异

苦恼..........
这个问题折磨我一星期了
还没有想好怎么化解
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3楼2011-03-29 01:30:52
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-28 12:08:41
fluctuation
正常的。运动中的蛋白质不可能是晶体中那样。
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2楼2011-03-28 12:04:43
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
my first guess is that they have different energy, causing the lower energy one occurs more frequently. you may want to restrain (or constrain) some structure (,e.g., distance) to avoid the energy jump
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-12 21:31:49
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