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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】
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亍寞

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】键长键角等固定后的优化..悬赏30...【已经解决～感谢～】

新手问题...........
现在正在找一个过渡态，没有固定键长键角之前，构型偏离较大最后就不能收敛，或者分子散了，若构型偏离较小就会优化直接到稳定态
现在准备固定某个键长后继续优化，用gaussview建立模型之后，用自带的redundant，然后手动再修改某几个数值，输入文件中有：
D 4 1 2 3 -120.000000 F
这样的描述，计算过程中也没有出错，但是最后键角仍旧偏离较大，键长也是如此

想请教一下这个如果固定键长之后优化，gaussian是在这个输入结构附近寻找收敛点么？若在这个点附近找不到最小点是不是就会破坏这个限制？加上了键长键角限制之后和没有加键长键角有什么区别呢？


或者....悲情的就是固定方法不对，输入文件不对？

求大神详解...或者能麻烦提供详解的链接地址么？....

[ Last edited by 亍寞 on 2011-3-12 at 21:17 ]
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1楼 2011-03-11 14:48:28
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qlihytc

新虫 (小有名气)
亍寞(金币+10): 谢谢回复，还有些许问题还请您不吝赐教！ 2011-03-12 15:04:29
我建议这样寻找：
找到一个主要的反应坐标，键长或者键角，固定这个反应坐标，然后popt，通过反应坐标的逐渐改变，得到一条反应的PES，再在最高点进行激发态优化
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2楼2011-03-12 14:31:06
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qlihytc at 2011-03-12 14:31:06:
我建议这样寻找：
找到一个主要的反应坐标，键长或者键角，固定这个反应坐标，然后popt，通过反应坐标的逐渐改变，得到一条反应的PES，再在最高点进行激发态优化

谢谢，现在您所说的主要的反应坐标已经找到了，是键长，但是就是再固定的时候除了点问题，固定之后计算，但是计算结果中这个希望固定的键长你却恢复了稳定态的键长，因为以前没有固定过键长进行计算，所以也不知道是不是固定方法有问题
这是部分输入文件：（z-matrix）
%mem=3500MB

%nprocshared=2

#p opt=(modredundant,maxcyc=200) freq b3lyp/genecp scf=tight
键说明部分。。。略
B1 4.900000

基组说明部分。。。略

请问这个是一定要用popt命令么？那么popt（参数）中的参数又应该怎么设置比较好？您所说的反应坐标的逐渐改变是用scan命令还是人为的固定不同键长?

十分感谢您的回复！
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3楼2011-03-12 15:04:00
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qlihytc

新虫 (小有名气)
不是SCAN，这样，给你篇文献看看吧
羟基负离子与一氟甲烷双分子亲核取代反应的量子化学研究
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4楼2011-03-12 16:55:50
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qlihytc at 2011-03-12 16:55:50:
不是SCAN，这样，给你篇文献看看吧
羟基负离子与一氟甲烷双分子亲核取代反应的量子化学研究

谢谢你，理论部分已经是有一定了解的，主要问题就在如何输入上面，我之前没有用过popt这个命令，不知道相关参数应该怎么改？
这个输入无论用哪一钟坐标形式都没有办法解决，在郭勇和官方指南，还有自带的text中都没有找到相关说明，您有没有类似的资料呢？

不胜感激
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5楼2011-03-12 17:22:28
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qlihytc

新虫 (小有名气)
我的意思是部分优化（因为你固定了一个坐标了），关键词就是opt，或者popt都可以
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6楼2011-03-12 18:42:32
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qlihytc at 2011-03-12 18:42:32:
我的意思是部分优化（因为你固定了一个坐标了），关键词就是opt，或者popt都可以

不好意思，还请您明示.........
我现在输入文件中命令就是opt，还需要做下freq，是希望部分优化，但是gaussian优化结果就是全优化的结果，这个部分优化的设置并没有体现出来啊？

体现在输入文件上，我的输入问题在哪里呢？应该怎么改？
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7楼2011-03-12 19:06:50
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yongma2008

木虫 (著名写手)
亍寞(金币+10): 谢谢回复，还有些许问题还请您不吝赐教！ 2011-03-12 19:33:23
亍寞(金币+20): 十分感激～ 2011-03-12 21:16:34
反映坐标找到了就按照反映坐标，一步一步的固定键长来优化，优化后会在反映坐标过程中找到能量最大的点，然后在用过渡态优化。一般能找到。优化过程不很确定的话，建议先不要算频率，频率回头用优化好的构型的检查点文件计算就好了
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8楼2011-03-12 19:23:36
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-03-12 19:23:36:
反映坐标找到了就按照反映坐标，一步一步的固定键长来优化，优化后会在反映坐标过程中找到能量最大的点，然后在用过渡态优化。一般能找到。优化过程不很确定的话，建议先不要算频率，频率回头用优化好的构型的检查 ...

谢谢回复，这个原理我明白，是输入文件的问题，麻烦您看下，这是我刚才用乙烷分子做了尝试，想固定两个碳原子之间的距离之后优化，这是输入文件

%mem=3200MB
%nprocshared=2
#p opt(modredundant) freq b3lyp/6-31g scf=tight

Title Card Required

0 1
C
H                  1              B1
H                  1              B2    2              A1
H                  1              B3    2              A2    3              D1
C                  1              B4    2              A3    3              D2
H                  5              B5    1              A4    2              D3
H                  5              B6    1              A5    2              D4
H                  5              B7    1              A6    2              D5

   B1             1.07000000
   B2             1.07000000
   B3             1.07000000
   B4             2.00000000
   B5             1.07000000
   B6             1.07000000
   B7             1.07000000
   A1           109.47120255
   A2           109.47123134
   A3           109.47120255
   A4           109.47120255
   A5           109.47120255
   A6           109.47123134
   D1           119.99999260
   D2          -120.00001480
   D3           179.88890000
   D4           -60.11108520
   D5            59.88890740
constant:
B 4 5 2.00000000

（4 5 原子就是两个碳原子）



计算过程中没有出错，但是在最后看输出文件的时候发现键长又回去了，不知道应该怎么输入，像上面那个输入文件，应该怎么改可以改对呢？
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9楼2011-03-12 19:32:20
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yongma2008

木虫 (著名写手)
★
亍寞(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 亍寞 at 2011-03-12 12:32:20:
谢谢回复，这个原理我明白，是输入文件的问题，麻烦您看下，这是我刚才用乙烷分子做了尝试，想固定两个碳原子之间的距离之后优化，这是输入文件

%mem=3200MB
%nprocshared=2
#p opt(modredundant) freq b3 ...

你碳原子一个是1号，一个是5号，但是你最后一行写的是B 4 5 2.0,一看就有问题啊
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11楼2011-03-12 19:55:18
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yongma2008

木虫 (著名写手)
乙烷你可以试试这个：

#p opt(modredundant) b3lyp/6-31g scf=tight

Title Card Required

0 1
C     0.000000     0.000000     0.000000
C     0.000000     0.000000     1.450000
H     1.026719     0.000000     1.813000
H    -0.513360     0.889165     1.813000
H    -0.513360    -0.889165     1.813000
H    -1.026719     0.000000    -0.363000
H     0.513360     0.889165    -0.363000
H     0.513360    -0.889165    -0.363000

B 1 2 2.0 F
空行
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12楼2011-03-12 20:05:17
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-03-12 20:05:17:
乙烷你可以试试这个：

#p opt(modredundant) b3lyp/6-31g scf=tight

Title Card Required

0 1
C     0.000000     0.000000     0.000000
C     0.000000     0.000000     1.450000
H     1.0267 ...

问题已经解决！！！在最后那个限制说明处加上 最后的F就可以了。。。最后的问题是那个F代表什么呢？如果是二面角的话又是什么呢？

刚才那个原子坐标最后那个限制是手打的。。。打错了。。。输入文件没有那个。。。

再次致谢！十分感激！！！
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13楼2011-03-12 20:41:41
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yongma2008

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 亍寞 at 2011-03-12 13:41:41:
问题已经解决！！！在最后那个限制说明处加上 最后的F就可以了。。。最后的问题是那个F代表什么呢？如果是二面角的话又是什么呢？

刚才那个原子坐标最后那个限制是手打的。。。打错了。。。输入文件没有那个 ...

至于最后的F和二面角，你还是自己去查高斯手册吧
赞一下 回复此楼
14楼2011-03-12 21:09:27
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-03-12 21:09:27:
至于最后的F和二面角，你还是自己去查高斯手册吧

刚才就已经查了～再次致谢！
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15楼2011-03-12 21:15:30
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qlihytc

新虫 (小有名气)
★
亍寞(金币+1):谢谢参与
固定一般建议用内坐标二面角的问题也就解决了，Freeze
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16楼2011-03-12 22:13:37
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3867826

木虫 (著名写手)
★
亍寞(金币+1):谢谢参与
直接把你要固定的原子 固定
  其他的做部分优化
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17楼2011-03-12 23:33:54
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亍寞

金虫 (小有名气)
谢谢大家的回复，问题已经解决了，就是因为输入的时候没有输入freezing的F。。。谢谢啦～
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18楼2011-03-13 08:15:28
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sch

铜虫 (初入文坛)
★
亍寞(金币+1):谢谢参与
把你输入文件中第一个B4改为2.0，第二、三个B4及B4后的数都去掉。
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19楼2012-03-05 11:23:28
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
★
亍寞(金币+1): 谢谢参与
遇到类似问题，还麻烦问下，B 4 5 2.0 F 中在限制其他原子键长时B 2.0 及F 是不是都不用动只改原子序号就可以了？还有如果限制两组原子是不是就加两个这种命令就可以了呀？谢谢了！！
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20楼2012-03-30 11:51:03
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
★
亍寞(金币+1): 谢谢参与
建议用直角坐标冻结原子。
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23楼2012-03-30 18:55:27
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简单回复
angelkiss10楼
2011-03-12 19:38   回复  
亍寞(金币+1):谢谢参与
zq52252621楼
2012-03-30 17:49   回复  
亍寞(金币+1): 谢谢参与
蓝色调调22楼
2012-03-30 17:51   回复  
亍寞(金币+1): 谢谢参与
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